はじめに †
「ClustalW」は,マルチプルアラインメントを生成するツールです.
次の環境で確認しました.
- Mac OS X 10.7.2
- ClustalW 2.1
必要なもの †
なし.
ダウンロード †
ClustalW2のサイトの左メニューにあるDownloadをクリックし,HTTP Downloadを選択します.
clustalw-2.1-macosx.dmgをクリックしてダウンロードします.
インストール †
ダウンロードしたファイルを開くと,clustalw-2.1-macosxというボリュームがマウントされます.
そのボリュームの中に,clustalw-2.1-macosxというディレクトリーがあり,その中にclustalw2という実行可能ファイルがあります.
このファイルを好きなディレクトリーにコピーします.
実行 †
ここでは,Bcl-2ファミリーのマルチプルアラインメントを作成します.
アミノ酸配列のダウンロード †
PfamのBcl-2のページの左メニューにあるAlignmentsをクリックします.
Formatting optionsのFormatをFASTAにし,Generateボタンをクリックします.
すると,PF00452_seed.txtという名前の以下のようなテキスト・ファイルがダウンロードされます.
>A7RN20_NEMVE/1-102 IIQIGELLETAYPYL..YHNVSKHLKIRLRSEVIVGDV....FRTFGRELFRD....... ....GVSWAKVIALFAFAASMSE................DCVMQGR...PEL...VKSIL NNVRAYV.RDHLAVWIRNHG.GW >BOKA_DANRE/68-180 LLWLGDELEYLRPNV..YRNVARQLNITIASENIVSDA....FLAVAAEIFSTEYSRKGL EKHKGVTWGKIVSLYAVAGALAV................DCVRNGH...PAM...VHTIV DCMGEFV.RKSLASWLKKRG.GW >BOK_CHICK/71-172 LLRLGDELEYIRPNV..YRNIARQLNISLHSETVVTDA....FLAVAAQIFTA....... ....GITWGKVVSLYAVAAGLAV................DCVRHAQ...PAM...VHTIV DCLGEFV.RKTLVTWLKRRG.GW
(略)
>Q4SCG3_TETNG/61-157 LRKATDDFEKKLTRA..CGDLSSYL...PSKI..SHQN....FNNTMDQIFEG....... ....NVHWGVVIGLFVVGGAMCV................QCVRNNH...EEL...VCHIA DWMTAYL.DEHLEPWIQRQG.GW >Q4SR59_TETNG/74-172 LRDSAEEFEKLFAQA..FSDLSSQLVI.TPDT..AYQS....FKNVMDEVFKD....... ....GVNWGRIVGLFAFGGVLCV................ECVEKDA...SEL...VCRIA DWMTIYL.DEHINPWIQSQG.GW >Q4T1V9_TETNG/71-169 LRDTGNEFELRYTCA..FSDLHNQLHI.TPAT..AYQS....FENVMDEVFRD....... ....GVNWGRIVGLFAFGGALCV................ECVEKEM...NPL...VGRII EWMTVYL.DNHIQPWIQSQG.GW
マルチプルアラインメントの作成 †
ダウンロードしたFASTAフォーマットのファイルを引数として,ClustalWを実行します.
$ clustalw2 PF00452_seed.txt CLUSTAL 2.1 Multiple Sequence Alignments Sequence format is Pearson Sequence 1: A7RN20_NEMVE/1-102 102 aa Sequence 2: BOKA_DANRE/68-180 113 aa Sequence 3: BOK_CHICK/71-172 102 aa
(略)
Sequence 70: Q4SCG3_TETNG/61-157 97 aa Sequence 71: Q4SR59_TETNG/74-172 99 aa Sequence 72: Q4T1V9_TETNG/71-169 99 aa Start of Pairwise alignments Aligning... Sequences (1:2) Aligned. Score: 38 Sequences (1:3) Aligned. Score: 35 Sequences (1:4) Aligned. Score: 36
(略)
Sequences (70:71) Aligned. Score: 53 Sequences (70:72) Aligned. Score: 46 Sequences (71:72) Aligned. Score: 74 Guide tree file created: [PF00452_seed.dnd] There are 71 groups Start of Multiple Alignment Aligning... Group 1: Sequences: 2 Score:2010 Group 2: Sequences: 2 Score:1946 Group 3: Sequences: 4 Score:1918
(略)
Group 69: Delayed Group 70: Delayed Group 71: Sequences: 65 Score:591 Alignment Score 193470 CLUSTAL-Alignment file created [PF00452_seed.aln]
この結果,CLUSTAL形式のアラインメント・ファイルPF00452_seed.alnが作成されます.