はじめに †
BioPythonはバイオインフォマティクスのツールを集めたPython用ライブラリーです.
ここでは,MacのOS XにBioPythonをインストールする方法を説明します.
この記事は,次の環境で確認しました.
- OS X 10.8.2 (Mountain Lion)
- Python 2.7.2
- BioPython 1.6.0
- NumPy 1.6.2
当初,Python 3への導入を目指しましたが,NumPyのインストールができなくて断念しました.
準備するもの †
- なし
ダウンロード †
NumPy †
NumPyは数値計算用のPythonライブラリーです. BioPythonではこのライブラリーを使うことを強く推奨しています.
NumPyは以下のサイトからダウンロードできます.
Mountain Lionに標準インストールされている64bit版Python 2.7.2のために,「Mac OS X 64-bit unofficial releases」のinstall_superpach.shというファイルをダウンロードします.
BioPython †
BioPythonは以下のサイトからダウンローできます.
今回はbiopython-1.60.tar.gzをダウンロードしました.
インストール †
NumPy †
ダウンロードしたinstall_superpack.shを実行するだけです.
$ chmod 755 install_superpack.sh $ ./install_superpack.sh
NumPyの動作確認.
$ python Python 2.7.2 (default, Jun 20 2012, 16:23:33) [GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-418.0.60)] on darwin Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import numpy >>>
BioPython †
ダウンロードしたファイルを展開して作成されたディレクトリーで,次のようにします.
$ python setup.py build $ python setup.py test $ sudo python setup.py install
動作確認 †
$ python Python 2.7.2 (default, Jun 20 2012, 16:23:33) [GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-418.0.60)] on darwin Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import Bio >>>