MacでBioPythonを使う

2012-11-20 (火) 09:22:33 (1584d) | Topic path: Top / バイオ・データ・マイニング / MacでBioPythonを使う

はじめに

BioPythonはバイオインフォマティクスのツールを集めたPython用ライブラリーです.

ここでは,MacのOS XにBioPythonをインストールする方法を説明します.

この記事は,次の環境で確認しました.

  • OS X 10.8.2 (Mountain Lion)
  • Python 2.7.2
  • BioPython 1.6.0
  • NumPy 1.6.2

当初,Python 3への導入を目指しましたが,NumPyのインストールができなくて断念しました.

準備するもの

  • なし

ダウンロード

NumPy

NumPyは数値計算用のPythonライブラリーです. BioPythonではこのライブラリーを使うことを強く推奨しています.

NumPyは以下のサイトからダウンロードできます.

Mountain Lionに標準インストールされている64bit版Python 2.7.2のために,「Mac OS X 64-bit unofficial releases」のinstall_superpach.shというファイルをダウンロードします.

BioPython

BioPythonは以下のサイトからダウンローできます.

今回はbiopython-1.60.tar.gzをダウンロードしました.

インストール

NumPy

ダウンロードしたinstall_superpack.shを実行するだけです.

$ chmod 755 install_superpack.sh
$ ./install_superpack.sh

NumPyの動作確認.

$ python
Python 2.7.2 (default, Jun 20 2012, 16:23:33) 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-418.0.60)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
>>> 

BioPython

ダウンロードしたファイルを展開して作成されたディレクトリーで,次のようにします.

$ python setup.py build
$ python setup.py test
$ sudo python setup.py install

動作確認

$ python
Python 2.7.2 (default, Jun 20 2012, 16:23:33) 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-418.0.60)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import Bio
>>> 
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