バイオ・データ・マイニング/MacでBioPythonを使う
をテンプレートにして作成
開始行:
*はじめに [#bf700eb3]
BioPythonはバイオインフォマティクスのツールを集めたPython...
ここでは，MacのOS XにBioPythonをインストールする方法を説...
この記事は，次の環境で確認しました．
-OS X 10.8.2 (Mountain Lion)
-Python 2.7.2
-BioPython 1.6.0
-NumPy 1.6.2
当初，Python 3への導入を目指しましたが，NumPyのインストー...
*準備するもの [#x13fcb49]
-なし
*ダウンロード [#d64bdaa3]
**NumPy [#obfcc41b]
NumPyは数値計算用のPythonライブラリーです．
BioPythonではこのライブラリーを使うことを強く推奨していま...
NumPyは以下のサイトからダウンロードできます．
-[[http://numpy.scipy.org]]
Mountain Lionに標準インストールされている64bit版Python 2....
**BioPython [#ad4059d8]
BioPythonは以下のサイトからダウンローできます．
-[[http://biopython.org/wiki/Main_Page]]
今回は''biopython-1.60.tar.gz''をダウンロードしました．
*インストール [#w15a64b1]
**NumPy [#nccd5605]
ダウンロードした''install_superpack.sh''を実行するだけで...
#geshi(sh){{
$ chmod 755 install_superpack.sh
$ ./install_superpack.sh
}}
NumPyの動作確認．
#geshi(sh){{
$ python
Python 2.7.2 (default, Jun 20 2012, 16:23:33)
[GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-4...
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more...
>>> import numpy
>>>
}}
**BioPython [#mf29160a]
ダウンロードしたファイルを展開して作成されたディレクトリ...
#geshi(sh){{
$ python setup.py build
$ python setup.py test
$ sudo python setup.py install
}}
*動作確認 [#s809536a]
#geshi(sh){{
$ python
Python 2.7.2 (default, Jun 20 2012, 16:23:33)
[GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-4...
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more...
>>> import Bio
>>>
}}
終了行:
*はじめに [#bf700eb3]
BioPythonはバイオインフォマティクスのツールを集めたPython...
ここでは，MacのOS XにBioPythonをインストールする方法を説...
この記事は，次の環境で確認しました．
-OS X 10.8.2 (Mountain Lion)
-Python 2.7.2
-BioPython 1.6.0
-NumPy 1.6.2
当初，Python 3への導入を目指しましたが，NumPyのインストー...
*準備するもの [#x13fcb49]
-なし
*ダウンロード [#d64bdaa3]
**NumPy [#obfcc41b]
NumPyは数値計算用のPythonライブラリーです．
BioPythonではこのライブラリーを使うことを強く推奨していま...
NumPyは以下のサイトからダウンロードできます．
-[[http://numpy.scipy.org]]
Mountain Lionに標準インストールされている64bit版Python 2....
**BioPython [#ad4059d8]
BioPythonは以下のサイトからダウンローできます．
-[[http://biopython.org/wiki/Main_Page]]
今回は''biopython-1.60.tar.gz''をダウンロードしました．
*インストール [#w15a64b1]
**NumPy [#nccd5605]
ダウンロードした''install_superpack.sh''を実行するだけで...
#geshi(sh){{
$ chmod 755 install_superpack.sh
$ ./install_superpack.sh
}}
NumPyの動作確認．
#geshi(sh){{
$ python
Python 2.7.2 (default, Jun 20 2012, 16:23:33)
[GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-4...
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more...
>>> import numpy
>>>
}}
**BioPython [#mf29160a]
ダウンロードしたファイルを展開して作成されたディレクトリ...
#geshi(sh){{
$ python setup.py build
$ python setup.py test
$ sudo python setup.py install
}}
*動作確認 [#s809536a]
#geshi(sh){{
$ python
Python 2.7.2 (default, Jun 20 2012, 16:23:33)
[GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-4...
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more...
>>> import Bio
>>>
}}
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