バイオ・データ・マイニング/FASTAフォーマット
をテンプレートにして作成
開始行:
*はじめに [#n4ba8818]
FASTAは，DNA塩基配列またはたんぱく質アミノ酸配列に対して...
配列アラインメントを行うソフトウェアとしては，BLAST同様に...
FASTAへ入力する配列はテキストで表されており，この形式がFA...
ちなみに，FASTAは「ファスタ」ではなく「ファストエー」と読...
*FASTAフォーマット [#j6c6a2dd]
いろいろな亜種があるみたいで，完全な文法を厳密に定義する...
ここでは，ある一つのパターンだけを説明します．
1行目は''ヘッダ''．2行目以後が''配列データ''です．
ヘッダ行は"''>''"（より大きい）で始まり，その直後に空白を...
空白がより後はその配列についての''説明''です．
名前と説明は省略できます．
2行目以後は''アミノ酸''を''1文字表記''で表した配列データ...
1行当たり80文字未満とすることが推奨されており，長いものは...
複数の配列を一つのファイルにまとめるときは，ヘッダと配列...
*アミノ酸一文字表記に使われるアルファベット [#jda1d1a5]
特定のアミノ酸を表す ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWYZ((基本20種の...
不明あるいは任意のアミノ酸を表す X
ギャップを表す -
*例 [#aaa5fbb7]
#geshi(text){{
>AR11_XENLA/62-162 : PS50062
LLEATEEFELRYQRAFSDLTSQLHITQD.....TAQQSFQQVMGELFRDG..........
ALCVESANKEMTDLL..................PRIVQWMVNYLEHT....LQPWMQ...
>AR1_XENLA/81-181 : PS50062
MRAAGDEFEERFRQAFSEISTQIHVTPG.....TAYARFAEVAGSLFQGG..........
ALCAESVNKEMSPLL..................PRIQDWMVTYLETN....LRDWIQ...
}}
*参考文献 [#o8ba24a7]
-''[[Rapid and sensitive protein similarity searches:http...
Lipman DJ, Pearson WR.~
Science, 227(4693):1435-41 (1985).
>FASTAについての論文．
-''[[バイオインフォマティクス：ゲノム配列から機能解析へ:h...
David W. Mount著, 岡崎康司, 坊農秀雄 監訳~
第2版, メディカル・サイエンス・インターナショナル (2005)
>バイオインフォマティクスの教科書．11,550円と高いが，バイ...
-[[FASTA:http://ja.wikipedia.org/wiki/FASTA]] | Wikipedia
終了行:
*はじめに [#n4ba8818]
FASTAは，DNA塩基配列またはたんぱく質アミノ酸配列に対して...
配列アラインメントを行うソフトウェアとしては，BLAST同様に...
FASTAへ入力する配列はテキストで表されており，この形式がFA...
ちなみに，FASTAは「ファスタ」ではなく「ファストエー」と読...
*FASTAフォーマット [#j6c6a2dd]
いろいろな亜種があるみたいで，完全な文法を厳密に定義する...
ここでは，ある一つのパターンだけを説明します．
1行目は''ヘッダ''．2行目以後が''配列データ''です．
ヘッダ行は"''>''"（より大きい）で始まり，その直後に空白を...
空白がより後はその配列についての''説明''です．
名前と説明は省略できます．
2行目以後は''アミノ酸''を''1文字表記''で表した配列データ...
1行当たり80文字未満とすることが推奨されており，長いものは...
複数の配列を一つのファイルにまとめるときは，ヘッダと配列...
*アミノ酸一文字表記に使われるアルファベット [#jda1d1a5]
特定のアミノ酸を表す ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWYZ((基本20種の...
不明あるいは任意のアミノ酸を表す X
ギャップを表す -
*例 [#aaa5fbb7]
#geshi(text){{
>AR11_XENLA/62-162 : PS50062
LLEATEEFELRYQRAFSDLTSQLHITQD.....TAQQSFQQVMGELFRDG..........
ALCVESANKEMTDLL..................PRIVQWMVNYLEHT....LQPWMQ...
>AR1_XENLA/81-181 : PS50062
MRAAGDEFEERFRQAFSEISTQIHVTPG.....TAYARFAEVAGSLFQGG..........
ALCAESVNKEMSPLL..................PRIQDWMVTYLETN....LRDWIQ...
}}
*参考文献 [#o8ba24a7]
-''[[Rapid and sensitive protein similarity searches:http...
Lipman DJ, Pearson WR.~
Science, 227(4693):1435-41 (1985).
>FASTAについての論文．
-''[[バイオインフォマティクス：ゲノム配列から機能解析へ:h...
David W. Mount著, 岡崎康司, 坊農秀雄 監訳~
第2版, メディカル・サイエンス・インターナショナル (2005)
>バイオインフォマティクスの教科書．11,550円と高いが，バイ...
-[[FASTA:http://ja.wikipedia.org/wiki/FASTA]] | Wikipedia
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