バイオ・データ・マイニング/ClustalWで多重アラインメントを行う
をテンプレートにして作成
開始行:
*はじめに [#t90e8c3c]
ここでは、''ClustalW''を使ってタンパク質のアミノ酸配列の...
ClustalWの基本的な使い方については、以下のページを参照し...
-[[ClustalWでペアワイズ・アラインメントを行う>バイオ・デ...
ここでは、系統樹を表示できる[[GenomeNetのClustalW:http://...
*多重アラインメント [#ff3821f6]
3本以上の配列に対する配列アラインメント（シーケンス・アラ...
*多重アラインメントの仕組み [#u063de5e]
ここではClustalWによる多重アラインメントについて説明しま...
その他の方法もありますが、ここでは説明しません。
ClustalWは、''累進法''と呼ばれる方法を用いて多重アライン...
まずはじめに、すべての配列からペアを作成し、ペアワイズ・...
次に、このスコア（距離行列）に基づいて、''近隣結合法''（'...
最後に、案内木に従って、多重アラインメントを作成します。
*近隣結合法 (NJ) [#x8090bb1]
近隣結合法は、枝の長さが細小になるような近隣クラスターを...
この方法では、根がない木（無根系統樹）を作成します。
A, B, C, D, E という5つの種があり、ペアワイズ・アラインメ...
このとき、近隣結合法では、まずはじめにそれぞれの種を操作...
#ref(./nj_before.png,25%)
それから、最も近いOTUである A と B を結合してノードを作り...
#ref(./nj_after.png,25%)
これを繰り返します。
genome.jpのCLUSTALWでは、NJの改良版である''BIONJ''と''fas...
*タンパク質の多重アラインメント [#n893a818]
タンパク質データベースの一つである[[UniProt:http://www.un...
UniProtからアミノ酸配列を取得する方法については、以下のペ...
-[[ClustalWでペアワイズ・アラインメントを行う>バイオ・デ...
ここでは、以下のヘモグロビン（Hemoglobin subunit alpha）...
-HBA_HUMAN ヒト
-HBA_RAT ラット
-HBA_MOUSE マウス
-HBA_BOVIN 牛
-HBA_RABIT ウサギ
-HBA_CHICK 鶏
-HBA_HORSE 馬
-HBA_PANTR チンパンジー
+HBA_DANRE ゼブラフィッシュ
+HBA_EQUHE ロバ
+HBA_XENTR カエル
+HBA_PANPA ボノボ
-HBA_CYPCA 鯉
+HBA_LEPWE アザラシ
+HBA_SHEEP 羊
まず、UniProtで Hemoglobin HBA を検索し、アミノ酸配列を入...
次に、ClustalWにかけると、次のような多重アラインメントが...
CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment
HBA_RAT MVLSADDKTNIKNCWGKIGGHGGEYGEEALQRMFAAFPTT...
HBA_MOUSE MVLSGEDKSNIKAAWGKIGGHGAEYGAEALERMFASFPTT...
HBA_HUMAN MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTT...
HBA_PANTR MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTT...
HBA_PANPA MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTT...
HBA_BOVIN MVLSAADKGNVKAAWGKVGGHAAEYGAEALERMFLSFPTT...
HBA_SHEEP MVLSAADKSNVKAAWGKVGGNAGAYGAEALERMFLSFPTT...
HBA_HORSE MVLSAADKTNVKAAWSKVGGHAGEYGAEALERMFLGFPTT...
HBA_EQUHE MVLSAADKTNVKAAWSKVGGNAGDFGAEALERMFLGFPTT...
HBA_RABIT MVLSPADKTNIKTAWEKIGSHGGEYGAEAVERMFLGFPTT...
HBA_LEPWE -VLSPADKTNVKTTWDKIGGHAGEYGGEALERTFMAFPTT...
HBA_CHICK MVLSAADKNNVKGIFTKIAGHAEEYGAETLERMFTTYPPT...
HBA_XENTR MHLTADDKKHIKAIWPSVAAHGDKYGGEALHRMFMCAPKT...
HBA_DANRE MSLSDTDKAVVKAIWAKISPKADEIGAEALARMLTVYPQT...
HBA_CYPCA MSLSDKDKAAVKGLWAKISPKADDIGAEALGRMLTVYPQT...
*: ** :* : .:. :. * *:: * : * *...
HBA_RAT GKKVADALAKAADHVEDLPGALSTLSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_MOUSE GKKVADALASAAGHLDDLPGALSALSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_HUMAN GKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_PANTR GKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_PANPA GKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_BOVIN GAKVAAALTKAVEHLDDLPGALSELSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_SHEEP GEKVAAALTKAVGHLDDLPGTLSDLSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_HORSE GKKVGDALTLAVGHLDDLPGALSNLSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_EQUHE GKKVGDALTLAVGHLDDLPGALSNLSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_RABIT GKKVSEALTKAVGHLDDLPGALSTLSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_LEPWE GKKVADALTTAVSHIDDLPGALSALSDLHAYKLRVDPVNF...
HBA_CHICK GKKVVAALIEAANHIDDIAGTLSKLSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_XENTR GKKVSDALNEACNHLDNIAGCLSKLSDLHAYDLRVDPGNF...
HBA_DANRE GKTIMGAVGEAISKIDDLVGGLAALSELHAFKLRVDPANF...
HBA_CYPCA GKVIMGAVGDAVSKIDDLVGGLAALSELHAFKLRVDPANF...
* : *: * ::::: . *: **:***..***** **...
HBA_RAT PAMHASLDKFLASVSTVLTSKYR
HBA_MOUSE PAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
HBA_HUMAN PAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
HBA_PANTR PAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
HBA_PANPA PAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
HBA_BOVIN PAVHASLDKFLANVSTVLTSKYR
HBA_SHEEP PAVHASLDKFLANVSTVLTSKYR
HBA_HORSE PAVHASLDKFLSSVSTVLTSKYR
HBA_EQUHE PAVHASLDKFLSTVSTVLTSKYR
HBA_RABIT PAVHASLDKFLANVSTVLTSKYR
HBA_LEPWE PAVHASLDKFFSAVSTVLTSKYR
HBA_CHICK PEVHASLDKFLCAVGTVLTAKYR
HBA_XENTR PATHKALDKFLVSVSNVLTSKYR
HBA_DANRE PEVHVSVDKFFNNLALALSEKYR
HBA_CYPCA PEVHMSVDKFFQNLALALSEKYR
* * ::***: :. .*: ***
BIONJで系統樹を作成すると、次のようになります。
#ref(./BIONJ.png,75%)
また、fasttreeで系統樹を作成すると、次のようになります。
#ref(./fasttree.png,75%)
*演習 [#x0cfe471]
UniProtからEntry Nameが AMY1_ で始まるアミラーゼのアミノ...
*参考文献 [#v04c1e7e]
#html{{
<iframe style="width:120px;height:240px;" marginwidth="0"...
}}
-5章 多重配列アラインメント
終了行:
*はじめに [#t90e8c3c]
ここでは、''ClustalW''を使ってタンパク質のアミノ酸配列の...
ClustalWの基本的な使い方については、以下のページを参照し...
-[[ClustalWでペアワイズ・アラインメントを行う>バイオ・デ...
ここでは、系統樹を表示できる[[GenomeNetのClustalW:http://...
*多重アラインメント [#ff3821f6]
3本以上の配列に対する配列アラインメント（シーケンス・アラ...
*多重アラインメントの仕組み [#u063de5e]
ここではClustalWによる多重アラインメントについて説明しま...
その他の方法もありますが、ここでは説明しません。
ClustalWは、''累進法''と呼ばれる方法を用いて多重アライン...
まずはじめに、すべての配列からペアを作成し、ペアワイズ・...
次に、このスコア（距離行列）に基づいて、''近隣結合法''（'...
最後に、案内木に従って、多重アラインメントを作成します。
*近隣結合法 (NJ) [#x8090bb1]
近隣結合法は、枝の長さが細小になるような近隣クラスターを...
この方法では、根がない木（無根系統樹）を作成します。
A, B, C, D, E という5つの種があり、ペアワイズ・アラインメ...
このとき、近隣結合法では、まずはじめにそれぞれの種を操作...
#ref(./nj_before.png,25%)
それから、最も近いOTUである A と B を結合してノードを作り...
#ref(./nj_after.png,25%)
これを繰り返します。
genome.jpのCLUSTALWでは、NJの改良版である''BIONJ''と''fas...
*タンパク質の多重アラインメント [#n893a818]
タンパク質データベースの一つである[[UniProt:http://www.un...
UniProtからアミノ酸配列を取得する方法については、以下のペ...
-[[ClustalWでペアワイズ・アラインメントを行う>バイオ・デ...
ここでは、以下のヘモグロビン（Hemoglobin subunit alpha）...
-HBA_HUMAN ヒト
-HBA_RAT ラット
-HBA_MOUSE マウス
-HBA_BOVIN 牛
-HBA_RABIT ウサギ
-HBA_CHICK 鶏
-HBA_HORSE 馬
-HBA_PANTR チンパンジー
+HBA_DANRE ゼブラフィッシュ
+HBA_EQUHE ロバ
+HBA_XENTR カエル
+HBA_PANPA ボノボ
-HBA_CYPCA 鯉
+HBA_LEPWE アザラシ
+HBA_SHEEP 羊
まず、UniProtで Hemoglobin HBA を検索し、アミノ酸配列を入...
次に、ClustalWにかけると、次のような多重アラインメントが...
CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment
HBA_RAT MVLSADDKTNIKNCWGKIGGHGGEYGEEALQRMFAAFPTT...
HBA_MOUSE MVLSGEDKSNIKAAWGKIGGHGAEYGAEALERMFASFPTT...
HBA_HUMAN MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTT...
HBA_PANTR MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTT...
HBA_PANPA MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTT...
HBA_BOVIN MVLSAADKGNVKAAWGKVGGHAAEYGAEALERMFLSFPTT...
HBA_SHEEP MVLSAADKSNVKAAWGKVGGNAGAYGAEALERMFLSFPTT...
HBA_HORSE MVLSAADKTNVKAAWSKVGGHAGEYGAEALERMFLGFPTT...
HBA_EQUHE MVLSAADKTNVKAAWSKVGGNAGDFGAEALERMFLGFPTT...
HBA_RABIT MVLSPADKTNIKTAWEKIGSHGGEYGAEAVERMFLGFPTT...
HBA_LEPWE -VLSPADKTNVKTTWDKIGGHAGEYGGEALERTFMAFPTT...
HBA_CHICK MVLSAADKNNVKGIFTKIAGHAEEYGAETLERMFTTYPPT...
HBA_XENTR MHLTADDKKHIKAIWPSVAAHGDKYGGEALHRMFMCAPKT...
HBA_DANRE MSLSDTDKAVVKAIWAKISPKADEIGAEALARMLTVYPQT...
HBA_CYPCA MSLSDKDKAAVKGLWAKISPKADDIGAEALGRMLTVYPQT...
*: ** :* : .:. :. * *:: * : * *...
HBA_RAT GKKVADALAKAADHVEDLPGALSTLSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_MOUSE GKKVADALASAAGHLDDLPGALSALSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_HUMAN GKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_PANTR GKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_PANPA GKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_BOVIN GAKVAAALTKAVEHLDDLPGALSELSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_SHEEP GEKVAAALTKAVGHLDDLPGTLSDLSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_HORSE GKKVGDALTLAVGHLDDLPGALSNLSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_EQUHE GKKVGDALTLAVGHLDDLPGALSNLSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_RABIT GKKVSEALTKAVGHLDDLPGALSTLSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_LEPWE GKKVADALTTAVSHIDDLPGALSALSDLHAYKLRVDPVNF...
HBA_CHICK GKKVVAALIEAANHIDDIAGTLSKLSDLHAHKLRVDPVNF...
HBA_XENTR GKKVSDALNEACNHLDNIAGCLSKLSDLHAYDLRVDPGNF...
HBA_DANRE GKTIMGAVGEAISKIDDLVGGLAALSELHAFKLRVDPANF...
HBA_CYPCA GKVIMGAVGDAVSKIDDLVGGLAALSELHAFKLRVDPANF...
* : *: * ::::: . *: **:***..***** **...
HBA_RAT PAMHASLDKFLASVSTVLTSKYR
HBA_MOUSE PAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
HBA_HUMAN PAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
HBA_PANTR PAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
HBA_PANPA PAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
HBA_BOVIN PAVHASLDKFLANVSTVLTSKYR
HBA_SHEEP PAVHASLDKFLANVSTVLTSKYR
HBA_HORSE PAVHASLDKFLSSVSTVLTSKYR
HBA_EQUHE PAVHASLDKFLSTVSTVLTSKYR
HBA_RABIT PAVHASLDKFLANVSTVLTSKYR
HBA_LEPWE PAVHASLDKFFSAVSTVLTSKYR
HBA_CHICK PEVHASLDKFLCAVGTVLTAKYR
HBA_XENTR PATHKALDKFLVSVSNVLTSKYR
HBA_DANRE PEVHVSVDKFFNNLALALSEKYR
HBA_CYPCA PEVHMSVDKFFQNLALALSEKYR
* * ::***: :. .*: ***
BIONJで系統樹を作成すると、次のようになります。
#ref(./BIONJ.png,75%)
また、fasttreeで系統樹を作成すると、次のようになります。
#ref(./fasttree.png,75%)
*演習 [#x0cfe471]
UniProtからEntry Nameが AMY1_ で始まるアミラーゼのアミノ...
*参考文献 [#v04c1e7e]
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-5章 多重配列アラインメント
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