バイオ・データ・マイニング/アミノ酸の条件付き生起確率を調べる
をテンプレートにして作成
開始行:
*はじめに [#xb53f0b2]
[[こちら>バイオ・データ・マイニング/アミノ酸の生起確率を...
ここで，バイグラムによる分析（二文字ずつの分析）を行い，...
*プログラム [#u0e752f4]
前回作成したRuby 1.9のプログラムを基にして，次のようなプ...
#geshi(ruby){{
require 'zlib'
h = Hash.new # カウントを保存するハッシュ
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ".each_char do |c1|
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ".each_char do |c2|
h[c1+c2] = 0 # カウントを0に初期化
end
end
Zlib::GzipReader.open('At_GB_all_prot.gz') do |gz|
gz.each do |l|
c = l[0]
next if c == '>' # ヘッダ行はスキップ
for i in 0..(l.chomp!.length-2) do
token = l[i]+l[i+1] # バイグラムのトークン
h[token] += 1
end
end
end
# 列見出し
print ","
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ".each_char do |c|
print "#{c},"
end
print "\n"
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ".each_char do |c1|
sum = 0 # 合計
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ".each_char do |c2|
sum += h[c1+c2] # 合計
end
print "#{c1}," # 行見出し
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ".each_char do |c2|
print "#{h[c1+c2]/sum.to_f}," # 条件付き確率の計算と...
end
print "\n"
end
}}
行の最後に余分なコンマが付きますが，ここでは気にしないこ...
*グラフ [#o9a17a0b]
#ref(http://xn--p8ja5bwe1i.jp/blog/images/2011/02/amino_c...
*コメント [#u86d9e7b]
特殊なB, U, X, Zは別としても，他のと結構違うアミノ酸もあ...
*参考情報 [#yae4c455]
-[[アミノ酸の生起確率を調べる>バイオ・データ・マイニング/...
終了行:
*はじめに [#xb53f0b2]
[[こちら>バイオ・データ・マイニング/アミノ酸の生起確率を...
ここで，バイグラムによる分析（二文字ずつの分析）を行い，...
*プログラム [#u0e752f4]
前回作成したRuby 1.9のプログラムを基にして，次のようなプ...
#geshi(ruby){{
require 'zlib'
h = Hash.new # カウントを保存するハッシュ
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ".each_char do |c1|
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ".each_char do |c2|
h[c1+c2] = 0 # カウントを0に初期化
end
end
Zlib::GzipReader.open('At_GB_all_prot.gz') do |gz|
gz.each do |l|
c = l[0]
next if c == '>' # ヘッダ行はスキップ
for i in 0..(l.chomp!.length-2) do
token = l[i]+l[i+1] # バイグラムのトークン
h[token] += 1
end
end
end
# 列見出し
print ","
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ".each_char do |c|
print "#{c},"
end
print "\n"
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ".each_char do |c1|
sum = 0 # 合計
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ".each_char do |c2|
sum += h[c1+c2] # 合計
end
print "#{c1}," # 行見出し
"ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ".each_char do |c2|
print "#{h[c1+c2]/sum.to_f}," # 条件付き確率の計算と...
end
print "\n"
end
}}
行の最後に余分なコンマが付きますが，ここでは気にしないこ...
*グラフ [#o9a17a0b]
#ref(http://xn--p8ja5bwe1i.jp/blog/images/2011/02/amino_c...
*コメント [#u86d9e7b]
特殊なB, U, X, Zは別としても，他のと結構違うアミノ酸もあ...
*参考情報 [#yae4c455]
-[[アミノ酸の生起確率を調べる>バイオ・データ・マイニング/...
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