*はじめに [#q1f1fe2e]
「ClustalW」は,マルチプルアラインメントを生成するツールです.
次の環境で確認しました.
-Mac OS X 10.7.2
-ClustalW 2.1
*必要なもの [#d9d14a88]
なし.
*ダウンロード [#gd71d25e]
[[ClustalW2:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/]]のサイトの左メニューにある''Download''をクリックし,''HTTP Download''を選択します.
''clustalw-2.1-macosx.dmg''をクリックしてダウンロードします.
*インストール [#q40eac2c]
ダウンロードしたファイルを開くと,''clustalw-2.1-macosx''というボリュームがマウントされます.
そのボリュームの中に,''clustalw-2.1-macosx''というディレクトリーがあり,その中に''clustalw2''という実行可能ファイルがあります.
このファイルを好きなディレクトリーにコピーします.
*実行 [#mff6cd59]
ここでは,Bcl-2ファミリーのマルチプルアラインメントを作成します.
**アミノ酸配列のダウンロード [#q49da54f]
Pfamの[[Bcl-2のページ:http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00452?acc=PF00452]]の左メニューにある''Alignments''をクリックします.
''Formatting options''の''Format''を''FASTA''にし,''Generate''ボタンをクリックします.
すると,''PF00452_seed.txt''という名前の以下のようなテキスト・ファイルがダウンロードされます.
#geshi(sh){{
>A7RN20_NEMVE/1-102
IIQIGELLETAYPYL..YHNVSKHLKIRLRSEVIVGDV....FRTFGRELFRD.......
....GVSWAKVIALFAFAASMSE................DCVMQGR...PEL...VKSIL
NNVRAYV.RDHLAVWIRNHG.GW
>BOKA_DANRE/68-180
LLWLGDELEYLRPNV..YRNVARQLNITIASENIVSDA....FLAVAAEIFSTEYSRKGL
EKHKGVTWGKIVSLYAVAGALAV................DCVRNGH...PAM...VHTIV
DCMGEFV.RKSLASWLKKRG.GW
>BOK_CHICK/71-172
LLRLGDELEYIRPNV..YRNIARQLNISLHSETVVTDA....FLAVAAQIFTA.......
....GITWGKVVSLYAVAAGLAV................DCVRHAQ...PAM...VHTIV
DCLGEFV.RKTLVTWLKRRG.GW
}}
(略)
#geshi(sh){{
>Q4SCG3_TETNG/61-157
LRKATDDFEKKLTRA..CGDLSSYL...PSKI..SHQN....FNNTMDQIFEG.......
....NVHWGVVIGLFVVGGAMCV................QCVRNNH...EEL...VCHIA
DWMTAYL.DEHLEPWIQRQG.GW
>Q4SR59_TETNG/74-172
LRDSAEEFEKLFAQA..FSDLSSQLVI.TPDT..AYQS....FKNVMDEVFKD.......
....GVNWGRIVGLFAFGGVLCV................ECVEKDA...SEL...VCRIA
DWMTIYL.DEHINPWIQSQG.GW
>Q4T1V9_TETNG/71-169
LRDTGNEFELRYTCA..FSDLHNQLHI.TPAT..AYQS....FENVMDEVFRD.......
....GVNWGRIVGLFAFGGALCV................ECVEKEM...NPL...VGRII
EWMTVYL.DNHIQPWIQSQG.GW
}}
**マルチプルアラインメントの作成 [#v101b1b2]
ダウンロードしたFASTAフォーマットのファイルを引数として,ClustalWを実行します.
#geshi(sh){{
$ clustalw2 PF00452_seed.txt
CLUSTAL 2.1 Multiple Sequence Alignments
Sequence format is Pearson
Sequence 1: A7RN20_NEMVE/1-102 102 aa
Sequence 2: BOKA_DANRE/68-180 113 aa
Sequence 3: BOK_CHICK/71-172 102 aa
}}
(略)
#geshi(sh){{
Sequence 70: Q4SCG3_TETNG/61-157 97 aa
Sequence 71: Q4SR59_TETNG/74-172 99 aa
Sequence 72: Q4T1V9_TETNG/71-169 99 aa
Start of Pairwise alignments
Aligning...
Sequences (1:2) Aligned. Score: 38
Sequences (1:3) Aligned. Score: 35
Sequences (1:4) Aligned. Score: 36
}}
(略)
#geshi(sh){{
Sequences (70:71) Aligned. Score: 53
Sequences (70:72) Aligned. Score: 46
Sequences (71:72) Aligned. Score: 74
Guide tree file created: [PF00452_seed.dnd]
There are 71 groups
Start of Multiple Alignment
Aligning...
Group 1: Sequences: 2 Score:2010
Group 2: Sequences: 2 Score:1946
Group 3: Sequences: 4 Score:1918
}}
(略)
#geshi(sh){{
Group 69: Delayed
Group 70: Delayed
Group 71: Sequences: 65 Score:591
Alignment Score 193470
CLUSTAL-Alignment file created [PF00452_seed.aln]
}}
この結果,CLUSTAL形式のアラインメント・ファイル''PF00452_seed.aln''が作成されます.