バイオ・データ・マイニング/MacでClustalWを使うの変更点

追加された行はこの色です。
削除された行はこの色です。
バイオ・データ・マイニング/MacでClustalWを使うへ行く。
バイオ・データ・マイニング/MacでClustalWを使うの差分を削除
*はじめに [#q1f1fe2e]

「ClustalW」は，マルチプルアラインメントを生成するツールです．

次の環境で確認しました．
-Mac OS X 10.7.2
-ClustalW 2.1


*必要なもの [#d9d14a88]

なし．


*ダウンロード [#gd71d25e]

[[ClustalW2:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/]]のサイトの左メニューにある''Download''をクリックし，''HTTP Download''を選択します．

''clustalw-2.1-macosx.dmg''をクリックしてダウンロードします．



*インストール [#q40eac2c]

ダウンロードしたファイルを開くと，''clustalw-2.1-macosx''というボリュームがマウントされます．

そのボリュームの中に，''clustalw-2.1-macosx''というディレクトリーがあり，その中に''clustalw2''という実行可能ファイルがあります．

このファイルを好きなディレクトリーにコピーします．


*実行 [#mff6cd59]

ここでは，Bcl-2ファミリーのマルチプルアラインメントを作成します．


**アミノ酸配列のダウンロード [#q49da54f]

Pfamの[[Bcl-2のページ:http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00452?acc=PF00452]]の左メニューにある''Alignments''をクリックします．

''Formatting options''の''Format''を''FASTA''にし，''Generate''ボタンをクリックします．

すると，''PF00452_seed.txt''という名前の以下のようなテキスト・ファイルがダウンロードされます．
#geshi(sh){{
>A7RN20_NEMVE/1-102
IIQIGELLETAYPYL..YHNVSKHLKIRLRSEVIVGDV....FRTFGRELFRD.......
....GVSWAKVIALFAFAASMSE................DCVMQGR...PEL...VKSIL
NNVRAYV.RDHLAVWIRNHG.GW
>BOKA_DANRE/68-180
LLWLGDELEYLRPNV..YRNVARQLNITIASENIVSDA....FLAVAAEIFSTEYSRKGL
EKHKGVTWGKIVSLYAVAGALAV................DCVRNGH...PAM...VHTIV
DCMGEFV.RKSLASWLKKRG.GW
>BOK_CHICK/71-172
LLRLGDELEYIRPNV..YRNIARQLNISLHSETVVTDA....FLAVAAQIFTA.......
....GITWGKVVSLYAVAAGLAV................DCVRHAQ...PAM...VHTIV
DCLGEFV.RKTLVTWLKRRG.GW
}}
（略）
#geshi(sh){{
>Q4SCG3_TETNG/61-157
LRKATDDFEKKLTRA..CGDLSSYL...PSKI..SHQN....FNNTMDQIFEG.......
....NVHWGVVIGLFVVGGAMCV................QCVRNNH...EEL...VCHIA
DWMTAYL.DEHLEPWIQRQG.GW
>Q4SR59_TETNG/74-172
LRDSAEEFEKLFAQA..FSDLSSQLVI.TPDT..AYQS....FKNVMDEVFKD.......
....GVNWGRIVGLFAFGGVLCV................ECVEKDA...SEL...VCRIA
DWMTIYL.DEHINPWIQSQG.GW
>Q4T1V9_TETNG/71-169
LRDTGNEFELRYTCA..FSDLHNQLHI.TPAT..AYQS....FENVMDEVFRD.......
....GVNWGRIVGLFAFGGALCV................ECVEKEM...NPL...VGRII
EWMTVYL.DNHIQPWIQSQG.GW
}}

**マルチプルアラインメントの作成 [#v101b1b2]

ダウンロードしたFASTAフォーマットのファイルを引数として，ClustalWを実行します．
#geshi(sh){{
$ clustalw2 PF00452_seed.txt



 CLUSTAL 2.1 Multiple Sequence Alignments


Sequence format is Pearson
Sequence 1: A7RN20_NEMVE/1-102     102 aa
Sequence 2: BOKA_DANRE/68-180      113 aa
Sequence 3: BOK_CHICK/71-172       102 aa
}}
（略）
#geshi(sh){{
Sequence 70: Q4SCG3_TETNG/61-157     97 aa
Sequence 71: Q4SR59_TETNG/74-172     99 aa
Sequence 72: Q4T1V9_TETNG/71-169     99 aa
Start of Pairwise alignments
Aligning...

Sequences (1:2) Aligned. Score:  38
Sequences (1:3) Aligned. Score:  35
Sequences (1:4) Aligned. Score:  36
}}
（略）
#geshi(sh){{
Sequences (70:71) Aligned. Score:  53
Sequences (70:72) Aligned. Score:  46
Sequences (71:72) Aligned. Score:  74
Guide tree file created:   [PF00452_seed.dnd]

There are 71 groups
Start of Multiple Alignment

Aligning...
Group 1: Sequences:   2      Score:2010
Group 2: Sequences:   2      Score:1946
Group 3: Sequences:   4      Score:1918
}}
（略）
#geshi(sh){{
Group 69:                     Delayed
Group 70:                     Delayed
Group 71: Sequences:  65      Score:591
Alignment Score 193470

CLUSTAL-Alignment file created  [PF00452_seed.aln]

}}

この結果，CLUSTAL形式のアラインメント・ファイル''PF00452_seed.aln''が作成されます．