バイオ・データ・マイニング/MacでBioPythonを使うの変更点

*はじめに [#bf700eb3]

BioPythonはバイオインフォマティクスのツールを集めたPython用ライブラリーです．

ここでは，MacのOS XにBioPythonをインストールする方法を説明します．

この記事は，次の環境で確認しました．
-OS X 10.8.2 (Mountain Lion)
-Python 2.7.2
-BioPython 1.6.0
-NumPy 1.6.2

当初，Python 3への導入を目指しましたが，NumPyのインストールができなくて断念しました．


*準備するもの [#x13fcb49]

-なし

*ダウンロード [#d64bdaa3]

**NumPy [#obfcc41b]

NumPyは数値計算用のPythonライブラリーです．
BioPythonではこのライブラリーを使うことを強く推奨しています．

NumPyは以下のサイトからダウンロードできます．
-[[http://numpy.scipy.org]]

Mountain Lionに標準インストールされている64bit版Python 2.7.2のために，「Mac OS X 64-bit unofficial releases」の''install_superpach.sh''というファイルをダウンロードします．

**BioPython [#ad4059d8]

BioPythonは以下のサイトからダウンローできます．
-[[http://biopython.org/wiki/Main_Page]]

今回は''biopython-1.60.tar.gz''をダウンロードしました．


*インストール [#w15a64b1]

**NumPy [#nccd5605]

ダウンロードした''install_superpack.sh''を実行するだけです．
#geshi(sh){{
$ chmod 755 install_superpack.sh
$ ./install_superpack.sh
}}

NumPyの動作確認．
#geshi(sh){{
$ python
Python 2.7.2 (default, Jun 20 2012, 16:23:33) 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-418.0.60)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
>>> 
}}



**BioPython [#mf29160a]

ダウンロードしたファイルを展開して作成されたディレクトリーで，次のようにします．
#geshi(sh){{
$ python setup.py build
$ python setup.py test
$ sudo python setup.py install
}}


*動作確認 [#s809536a]
#geshi(sh){{
$ python
Python 2.7.2 (default, Jun 20 2012, 16:23:33) 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-418.0.60)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import Bio
>>> 
}}