バイオ・データ・マイニング/Rでマイクロアレイ・データを使う のバックアップソース(No.2)

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  • 1 (2014-07-02 (水) 11:53:42)
  • 2 (2014-07-02 (水) 11:54:47)

この記事はまだ書きかけです．

*はじめに [#r35eebe6]

Rで使えるマイクロアレイ・データをダウンロードして解析してみます．

マイクロアレイ・データについては，以下のページを参考にしてください．
-[[DNAマイクロアレイ・データを解析する>バイオ・データ・マイニング/DNAマイクロアレイ・データを解析する]]


ここでは，GitHubに公開されているR用の[[''datamicroarray''パッケージ:https://github.com/ramhiser/datamicroarray]]を利用します．
このデータセットには，以下のデータが含まれています．
-乳がん (Breast Cancer)
--Chin (2006)
--Chowdary (2006)
--Gravier (2010)
--Sorlie (2001)
--West (2001)
-中枢神経障害 (Central Nervous System Disorders)
--Pomeroy (2002)
-クローン病 (Crohn's Disease)
--Burczynski (2006)
-結腸がん (Colon Cancer)
--Alon (1999)
-グリオーマ (Glioma)
--Sun (2006)
-ハンチントン病 (Huntington's Disease)
--Borovecki (2005)
-白血病 (Leukemia)
--Chiaretti (2004)
--Golub (1999)
--Yeoh (2002)
-肺がん (Lung Cancer)
--Gordon (2002)
-リンパ腫 (Lymphoma)
--Shipp (2002)
-骨髄腫 (Myeloma)
--Tian (2003)
-前立腺がん (Prostate Cancer)
--Singh (2002)
-肉腫 (Sarcoma)
--Nakayama (2007)
-小円形青色細胞腫瘍 (Small Round Blue Cell Tumors)
--Khan (2001)
-その他 (Miscellaneous)
--Christensen (2009)
--Su (2002)
--Subramanian (2005)




*ダウンロード [#x00fcbb8]

GitHubで公開されているパッケージをダウンロードするには，''devtools''パッケージが必要です．
そこで，まずdevtoolsパッケージをインストールします．
''install.packages''コマンドを実行すると，パッケージをダウンロードするサーバーを聞かれますので，リストからJapanのどれかを選択します．
ただし，私がやったときは，Hyogoにしたらダウンロードに失敗したのでTsukubaにしました．
#geshi((rsplus){{
> install.packages("devtools")
}}

次に，''devtools''パッケージを使って，''datamicroarray''パッケージをダウンロードします．
#geshi(rsplus){{
> library(devtools)
> install_github('datamicroarray', 'ramey')
}}

回線が不安定なところでダウンロードしようとしていますが，うまくできないのでまたあとで．