バイオ・データ・マイニング/Rでマイクロアレイ・データを使う のバックアップ(No.2)

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  • 1 (2014-07-02 (水) 11:53:42)
  • 2 (2014-07-02 (水) 11:54:47)

この記事はまだ書きかけです．

はじめに †

Rで使えるマイクロアレイ・データをダウンロードして解析してみます．

マイクロアレイ・データについては，以下のページを参考にしてください．

• DNAマイクロアレイ・データを解析する

ここでは，GitHubに公開されているR用のdatamicroarrayパッケージを利用します． このデータセットには，以下のデータが含まれています．

• 乳がん (Breast Cancer)
  • Chin (2006)
  • Chowdary (2006)
  • Gravier (2010)
  • Sorlie (2001)
  • West (2001)
• 中枢神経障害 (Central Nervous System Disorders)
  • Pomeroy (2002)
• クローン病 (Crohn's Disease)
  • Burczynski (2006)
• 結腸がん (Colon Cancer)
  • Alon (1999)
• グリオーマ (Glioma)
  • Sun (2006)
• ハンチントン病 (Huntington's Disease)
  • Borovecki (2005)
• 白血病 (Leukemia)
  • Chiaretti (2004)
  • Golub (1999)
  • Yeoh (2002)
• 肺がん (Lung Cancer)
  • Gordon (2002)
• リンパ腫 (Lymphoma)
  • Shipp (2002)
• 骨髄腫 (Myeloma)
  • Tian (2003)
• 前立腺がん (Prostate Cancer)
  • Singh (2002)
• 肉腫 (Sarcoma)
  • Nakayama (2007)
• 小円形青色細胞腫瘍 (Small Round Blue Cell Tumors)
  • Khan (2001)
• その他 (Miscellaneous)
  • Christensen (2009)
  • Su (2002)
  • Subramanian (2005)

ダウンロード †

GitHubで公開されているパッケージをダウンロードするには，devtoolsパッケージが必要です． そこで，まずdevtoolsパッケージをインストールします． install.packagesコマンドを実行すると，パッケージをダウンロードするサーバーを聞かれますので，リストからJapanのどれかを選択します． ただし，私がやったときは，Hyogoにしたらダウンロードに失敗したのでTsukubaにしました．

> install.packages("devtools")

次に，devtoolsパッケージを使って，datamicroarrayパッケージをダウンロードします．

> library(devtools)
> install_github('datamicroarray', 'ramey')

回線が不安定なところでダウンロードしようとしていますが，うまくできないのでまたあとで．