バイオ・データ・マイニング/Rでデータを読み込む のバックアップソース(No.3)

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• バイオ・データ・マイニング/Rでデータを読み込む へ行く。
  • 1 (2012-12-04 (火) 09:55:33)
  • 2 (2012-12-04 (火) 11:04:13)
  • 3 (2013-11-19 (火) 18:28:04)
  • 4 (2017-01-18 (水) 14:50:49)
  • 5 (2018-10-24 (水) 14:27:58)

*はじめに [#b3c8dba1]

ここでは，Rにデータを読み込む方法を説明します．

この記事は，『Rによるバイオインフォマティクスデータ解析』を参考にしています．
Rにデータを読み込む方法は，この本の2.15節「入出力」に出てきます．
#html{{
<iframe src="http://rcm-jp.amazon.co.jp/e/cm?t=tohgoroh-22&o=9&p=8&l=as1&asins=4320057082&ref=tf_til&fc1=444B4C&IS2=1&lt1=_blank&m=amazon&lc1=444B4C&bc1=FFFFFF&bg1=FFFFFF&f=ifr" style="width:120px;height:240px;" scrolling="no" marginwidth="0" marginheight="0" frameborder="0"></iframe>
}}


*準備 [#t46fd7ed]

Rのインストールについては，次のページを見てください．
-[[MacでRを使う>機械学習/MacでRを使う]]
-[[WindowsでRを使う>機械学習/WindowsでRを使う]]

データ・ファイルはCSV形式とします．
つまり，項目はコンマ区切り，データは改行区切りとします．

Excelでデータを作成し，CSV形式で保存すればできます．
保存したファイルをテキスト・エディターで開いて確認してください．

ここでは，irisデータの一部である以下のようなファイルとします．
#geshi(txt){{
,Sepal.Length,Sepal.Width,Petal.Length,Petal.Width,Species
1,5.1,3.5,1.4,0.2,setosa
51,7.0,3.2,4.7,1.4,versicolor
101,6.3,3.3,6.0,2.5,virginica
}}
このCSVファイルは，1行目が列名，1列名がデータ名となっています．


*作業ディレクトリーの変更 [#gb8459dd]

まずは，作業ディレクトリーをCSVファイルが置いてあるディレクトリーに変更します．

現在のディレクトリーを調べるには，getwd関数を使います．
#geshi(rsplus){{
> getwd()
}}

作業ディレクトリーを変更するには，setwd関数を使います．
#geshi(rsplus){{
> setwd("/Users/tohgoroh/Desktop")
}}
ここでは，作業ディレクトリーを /Users/tohgoroh/Desktop に変更しています．


*行列データの読み込み [#uf502a43]

CSVファイルを読み込んで行列を作成するには，''read.csv関数''を使用します．
#geshi(rsplus){{
> data <- read.csv("data.csv")
}}
デフォルトは1行目が列名（header=T），データ名の列はなしです．

1列目がデータ名の場合，"row.names"オプションを指定します．
#geshi(rsplus){{
> data <- read.csv("data.csv", row.names=1)
}}

1行目が列名でないとき，headerオプションの値をFにします．
#geshi(rsplus){{
> data <- read.csv("data.csv", header=F)
}}

ここでは，1行目が列名，1列目がデータ名なので，次のようになります．
#geshi(rsplus){{
> data <- read.csv("data.csv", row.names=1)
> data
    Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
1            5.1         3.5          1.4         0.2     setosa
51           7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor
101          6.3         3.3          6.0         2.5  virginica
}}
読み込まれたデータは，データフレームという構造になります．




*参考文献 [#lb51dfcf]

#html{{
<iframe src="http://rcm-jp.amazon.co.jp/e/cm?t=tohgoroh-22&o=9&p=8&l=as1&asins=4320057082&ref=tf_til&fc1=444B4C&IS2=1&lt1=_blank&m=amazon&lc1=444B4C&bc1=FFFFFF&bg1=FFFFFF&f=ifr" style="width:120px;height:240px;" scrolling="no" marginwidth="0" marginheight="0" frameborder="0"></iframe>
}}