バイオ・データ・マイニング/Rでデータを読み込む のバックアップ(No.3)

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• バイオ・データ・マイニング/Rでデータを読み込む へ行く。
  • 1 (2012-12-04 (火) 09:55:33)
  • 2 (2012-12-04 (火) 11:04:13)
  • 3 (2013-11-19 (火) 18:28:04)
  • 4 (2017-01-18 (水) 14:50:49)
  • 5 (2018-10-24 (水) 14:27:58)

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はじめに †

ここでは，Rにデータを読み込む方法を説明します．

この記事は，『Rによるバイオインフォマティクスデータ解析』を参考にしています． Rにデータを読み込む方法は，この本の2.15節「入出力」に出てきます．

準備 †

Rのインストールについては，次のページを見てください．

• MacでRを使う
• WindowsでRを使う

データ・ファイルはCSV形式とします． つまり，項目はコンマ区切り，データは改行区切りとします．

Excelでデータを作成し，CSV形式で保存すればできます． 保存したファイルをテキスト・エディターで開いて確認してください．

ここでは，irisデータの一部である以下のようなファイルとします．

,Sepal.Length,Sepal.Width,Petal.Length,Petal.Width,Species
1,5.1,3.5,1.4,0.2,setosa
51,7.0,3.2,4.7,1.4,versicolor
101,6.3,3.3,6.0,2.5,virginica

このCSVファイルは，1行目が列名，1列名がデータ名となっています．

作業ディレクトリーの変更 †

まずは，作業ディレクトリーをCSVファイルが置いてあるディレクトリーに変更します．

現在のディレクトリーを調べるには，getwd関数を使います．

getwd()

作業ディレクトリーを変更するには，setwd関数を使います．

setwd("/Users/tohgoroh/Desktop")

ここでは，作業ディレクトリーを /Users/tohgoroh/Desktop に変更しています．

行列データの読み込み †

CSVファイルを読み込んで行列を作成するには，read.csv関数を使用します．

data <- read.csv("data.csv")

デフォルトは1行目が列名（header=T），データ名の列はなしです．

1列目がデータ名の場合，"row.names"オプションを指定します．

data <- read.csv("data.csv", row.names=1)

1行目が列名でないとき，headerオプションの値をFにします．

data <- read.csv("data.csv", header=F)

ここでは，1行目が列名，1列目がデータ名なので，次のようになります．

data <- read.csv("data.csv", row.names=1)
data

読み込まれたデータは，データフレームという構造になります．

参考文献 †