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*はじめに [#c3ccb75c]
ここでは，''HMMER''を使って相同性検索を行います．
*相同性検索 [#mfc486a6]
相同性検索については次のページで説明しています．
-[[BLASTで相同性検索を行う>バイオ・データ・マイニング/BLASTで相同性検索を行う]] - とうごろうぃき
HMMERによる相同性検索を行う前に，BLASTによる相同性検索を先に理解しておくことをおすすめします．
*HMMER [#u67fa5cf]
''HMMER''は''モチーフ''をクエリーとして相同性検索を行うツールです．
（反対に配列をクエリーとしてモチーフを検索することもできますが，ここでは説明しません．）
''モチーフ''とは，タンパク質の''ドメイン''を構造化したものです．
タンパク質の''ドメイン''は，タンパク質のアミノ酸配列の部分配列のうち，''タンパ質の機能を発現するのに必要な部分''です．
同じ機能をもつ（異なる種の）タンパク質には，同じ（あるいは，とても良く似た）ドメインが含まれています．
ドメイン以外の部分は大きく異なっていても，ドメインが同じであれば（あるいは，とても良く似ていれば ）同じ機能を発現します．
HMMERでは，モチーフは''プロファイルHMM''で表現されます．
*プロファイルHMM [#qcce93e1]
''プロファイルHMM''は，多樹配列アラインメントの結果を一つにまとめたものである''プロファイル''を''隠れマルコフモデル'' (''HMM'', hidden Markov model) で表したものです．
状態遷移確率が直前の状態のみに依存するという''マルコフ性''を仮定して，状態遷移確率をモデル化したものを''マルコフ・モデル''といい，マルコフ・モデルにおいて状態が''観測''できず（隠れていて）''出力''だけが観測できるものが''HMM''です．
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