バイオ・データ・マイニング/DNAマイクロアレイ・データを解析する のバックアップ差分(No.1)

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  • 1 (2011-02-17 (木) 15:31:18)
  • 2 (2011-02-17 (木) 18:33:19)
  • 3 (2011-02-17 (木) 21:51:32)
  • 4 (2014-07-25 (金) 21:11:29)

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この記事はまだ書きかけです．


*はじめに [#h801cfb8]

バイオイフォマティクスの分野でよく分析対象とされるマイクロアレイ・データを解析してみます．

生物学的なバイオインフォマティクスではなく，データ・マイニング的なバイオインフォマティクスの視点で書きます．

目的がないとやりにくいので，ここでは，[[RSCTC 2010データ・マイニング・コンテスト:http://tunedit.org/challenge/RSCTC-2010-B]]で課題となったタスクを用います．


*RSCTC 2010データ・マイニング・コンテスト [#d09d848f]

2010年6月にポーランドで行われたラフ集合国際会議[[RSCTC 2010:http://www.rsctc2010.org/]]で行われたデータ・マイニング・コンテスト．

テーマはマイクロアレイ・データ解析．

Basic TrackとAdvanced Trakの2部門があります．
ここでは，Basic Trackを対象とします．


*DNAマイクロアレイ・データ [#of82f080]

DNAマイクロアレイ・データは，遺伝子（DNA）の発現量を記録したデータです．

DNAはRNAに転写され，RNAがたんぱく質に翻訳されます．
このときの転写パターンを表すmRNAのレベルを測定したものです．

具体的には，正常細胞とがん細胞のDNAをそれぞれ異なる蛍光色素で標識しておき，これを混ぜてDNAを発現させて蛍光シグナルの比を調べます．



たとえば，正常細胞を緑色，がん細胞を赤色の蛍光色素で標識して発現させると，