バイオ・データ・マイニング/ClustalWで多重アラインメントを行うのバックアップ(No.2)

はじめに †

ここでは，ClustalWを使ってタンパク質のアミノ酸配列の多重アラインメントを行います．

ClustalWの基本的な使い方については，以下のページを参照してください．

3本以上の配列に対する配列アラインメント（シーケンス・アラインメント）を多重配列アラインメント（多重アラインメント，マルチアラインメント）と言います．

ここではClustalWによる多重アラインメントについて説明します．その他の方法もありますが，ここでは説明しません．

ClustalWは，累進法と呼ばれる方法を用いて多重アラインメントを行います．

まずはじめに，全ての配列からペアを作成し，ペアワイズ・アラインメントを行ってスコアを求めます．

次に，このスコアに基づいて，近隣結合法（NJ）または非加重結合法（UPGMA）を用いて階層クラスタリングを行い，案内木（guide tree）と呼ばれるデンドログラムを作成します．

最後に，案内木に従って，多重アラインメントを作成します．