バイオ・データ・マイニング/BLASTで相同性検索を行う のバックアップ差分(No.3)

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  • 1 (2014-10-16 (木) 00:05:04)
  • 2 (2014-10-16 (木) 09:00:35)
  • 3 (2014-10-16 (木) 19:32:47)
  • 4 (2014-10-17 (金) 07:37:08)
  • 5 (2014-10-17 (金) 10:54:49)
  • 6 (2014-10-19 (日) 13:19:34)
  • 7 (2014-10-24 (金) 06:15:50)
  • 8 (2020-10-21 (水) 13:01:43)

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*はじめに [#redbd380]

ここでは，''BLAST''を使って相同性検索を行います．


*相同性検索 [#x948b460]

DNAやタンパク質が進化的に共通の祖先を持つものを''相同体'' (homologue) といい，DNAやタンパク質が進化的に共通の祖先を持つことを''相同性'' (homology) といいます．

DNAデータベースの中からクエリーとして与えられた塩基配列の相同体を見つける，あるいは，タンパク質データベースの中からクエリーとして与えられたアミノ酸配列の相同体を見つけることを''相同性検索''といいます．


*BLAST [#e4689043]

''BLAST''は配列をクエリーとして相同性検索を行うツールです．

BLASTには，DNAの塩基配列をクエリーとして塩基配列を検索する''blastn''，タンパク質のアミノ酸配列をクエリーとしてアミノ酸配列を検索する''blastp''，DNAの塩基配列をクエリーとして（それを翻訳して）アミノ酸配列を検索する''blastx''などが含まれています．

ここでは，タンパク質のアミノ酸配列をクエリーとしてアミノ酸配列を検索するblastpを対象にします．


*相同性検索の仕組み [#nfedeebb]

BLASTは，まず，クエリーとして与えられたタンパク質のアミノ酸配列を3文字ずつに分割します．（DNAの塩基配列9文字分に相当します．）

たとえば，''CDEFGHI'' というクエリー配列が与えられると，これを ''CDE'', ''DEF'', ''EFG'', ''FGI'' という長さ3の部分文字列に分解します．

次に，アミノ酸置換確率行列に基づいて，生成した部分文字列の類似文字列を作成します．

たとえば，アミノ酸 ''I'' はアミノ酸 ''V'' と類似している（置換される確率が高い）とき，''FGI'' の ''I'' を ''V'' に置換した''FGV'' を類似文字列として作成します．

部分文字列または類似文字列に一致する個所を，タンパク質データベースのアミノ酸配列の中から探し，一致した度合いに基づいて''類似度''を計算します．