データ・マイニング/Rでネットワーク構造を可視化する のバックアップソース(No.1)

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  • 1 (2013-03-03 (日) 20:11:23)

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*はじめに [#yb7fa054]

Rを用いてネットワーク構造を可視化したので，そのメモです．


*準備 [#r89eea09]

igraphパッケージを使います．

#geshi(rsplus){{
install.packages("igraph")
library("igraph")
}}



*データの読み込み [#z63f74fe]

ネットワークは隣接行列で表現します．
そこで，隣接行列をCSV形式で作成し，Rに読み込みます．
ここでは，1行目と1列目には頂点の名前が入っているものとします．
#geshi(rsplus){{
data <- read.csv("data.csv", header=T, row.names=1)
}}

これを隣接行列に変換します．
ここでは無向グラフ（"undirected"）とします．
#geshi(rsplus)){{
g <- graph.adjacency(data,mode="undirected")
}}


*ネットワーク構造の可視化 [#v2b5813c]

レイアウトをfruchterman.reingoldにして，ネットワークを表示します．
ネットワークが大きいので，頂点の大きさ（vertex.size）を2に，頂点のラベル（vertex.label）を非表示（NA）にします．
#geshi(rsplus){{
plot(g,layout=layout.fruchterman.reingold,vertex.size=2,vertex.label=NA)
}}