バイオ・データ・マイニング/Rで相関分析するのバックアップ(No.2)

はじめに †

Rを使って相関係数を求め，統計的有意性を検定します．

準備 †

Rのインストールについては，次のページを見てください．

最初は，標準で使用できるirisデータセットを使います．

data(iris)

このデータセットは，アヤメの種類（Species）を花びらの長さ（Sepal.Length），幅（Lepal.Width），がくの長さ（Petal.Length），幅（Petal.Width）によって分類する問題です．長さと幅は連続値，種類はsetosa, versicolor, virginicaのいずれかをとる離散値です．

このデータセットには，setosa, versicolor, virginicaという3種類のアヤメについて，それぞれ50個ずつ，合計150個のデータが含まれています．ランダムに10個のデータを選択して，見てみましょう．

iris[sort(sample(1:150,10)),]

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相関係数 †

[math]x[/math] と [math]y[/math] の相関係数は，[math]x[/math] と [math]y[/math] の共分散を [math]x[/math] の標準偏差と [math]y[/math] の標準偏差の積で割ったものです．

共分散については，以下の記事を読んでください．

Rで統計分析する

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準備 †

相関係数 †

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