バイオ・データ・マイニング/BLASTで相同性検索を行う のバックアップ(No.2)

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  • 1 (2014-10-16 (木) 00:05:04)
  • 2 (2014-10-16 (木) 09:00:35)
  • 3 (2014-10-16 (木) 19:32:47)
  • 4 (2014-10-17 (金) 07:37:08)
  • 5 (2014-10-17 (金) 10:54:49)
  • 6 (2014-10-19 (日) 13:19:34)
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  • 8 (2020-10-21 (水) 13:01:43)

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はじめに †

ここでは，BLASTを使って相同性検索を行います．

相同性検索 †

DNAやタンパク質が進化的に共通の祖先を持つものを相同体 (homologue) といい，DNAやタンパク質が進化的に共通の祖先を持つことを相同性 (homology) といいます．

DNAデータベースの中からクエリーとして与えられた塩基配列の相同体を見つける，あるいは，タンパク質データベースの中からクエリーとして与えられたアミノ酸配列の相同体を見つけることを相同性検索といいます．

BLAST †

BLASTは配列をクエリーとして相同性検索を行うツールです．

BLASTには，DNAの塩基配列をクエリーとして塩基配列を検索するblastn，タンパク質のアミノ酸配列をクエリーとしてアミノ酸配列を検索するblastp，DNAの塩基配列をクエリーとして（それを翻訳して）アミノ酸配列を検索するblastxなどが含まれています．