バイオ・データ・マイニング/Rでスペクトラル・クラスタリングを使う のバックアップ(No.1)

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  • 1 (2012-11-27 (火) 14:00:28)
  • 2 (2012-11-27 (火) 14:40:02)
  • 3 (2012-11-28 (水) 09:42:07)
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はじめに †

『Rによるバイオインフォマティクスデータ解析』の7.10節「スペクトラル・クラスタリング」を参考にして，スペクトラル・クラスタリングを行います．

準備 †

Rのインストールについては，次のページを見てください．

• MacでRを使う
• WindowsでRを使う

[math]k[/math]平均法が苦手なデータとして，二重円のデータを作成します．

• 4から4までの一様乱数を1,000個ずつ生成し，半径3から4の範囲にあるデータをc2，半径1から2の範囲にあるデータをc1とします．

  x = runif(1000) * 8 - 4
  y = runif(1000) * 8 - 4
  data = cbind(x, y)
  c2 = (x^2 + y^2) < 16 & (x^2 + y^2) > 9
  c1 = (x^2 + y^2) <  4 & (x^2 + y^2) > 1
  logo = data[(c2 | c1),]
  plot(logo)

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参考文献 †

• クラスタリングとは（クラスター分析とは） - 神嶌敏弘さん