データ・マイニング/Rでネットワーク構造を可視化する のバックアップ(No.1)

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  • 1 (2013-03-03 (日) 20:11:23)

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はじめに †

Rを用いてネットワーク構造を可視化したので，そのメモです．

準備 †

igraphパッケージを使います．

install.packages("igraph")
library("igraph")

データの読み込み †

ネットワークは隣接行列で表現します． そこで，隣接行列をCSV形式で作成し，Rに読み込みます． ここでは，1行目と1列目には頂点の名前が入っているものとします．

data <- read.csv("data.csv", header=T, row.names=1)

これを隣接行列に変換します． ここでは無向グラフ（"undirected"）とします．

g <- graph.adjacency(data,mode="undirected")

ネットワーク構造の可視化 †

レイアウトをfruchterman.reingoldにして，ネットワークを表示します． ネットワークが大きいので，頂点の大きさ（vertex.size）を2に，頂点のラベル（vertex.label）を非表示（NA）にします．

plot(g,layout=layout.fruchterman.reingold,vertex.size=2,vertex.label=NA)