授業/バイオインフォマティクス特論
をテンプレートにして作成
開始行:
#ref(./bioinformatics.png,wrap,nolink,25%)
*01 セントラル・ドグマ [#qa65d9bb]
-DNA (A, T, G, C)
--[[TryiT. 5分でわかる！ヌクレオチド:https://www.try-it.j...
-セントラルドグマ
--[[TryiT. 5分でわかる！遺伝子発現：転写:https://www.try-...
-RNA (A, U, G, C)
--[[TryiT. 5分でわかる！RNAについて:https://www.try-it.jp...
-mRNA
--[[TryiT. 5分でわかる！遺伝子発現：翻訳:https://www.try-...
-コドン（mRNA塩基3つ→アミノ酸1つ）
--[[TryiT. 5分でわかる！コドン→アミノ酸:https://www.try-i...
-アミノ酸（20種類）
--[[TryiT. 5分でわかる！コドンとアミノ酸の種類:https://ww...
-タンパク質（アミノ酸が直鎖状に結合したもの）
--[[TryiT. 5分でわかる！タンパク質の働きは…:https://www.t...
-タンパク質の構造（一次，二次，立体）
--[[TryiT. 5分でわかる！タンパク質の立体構造 (1):https://...
--[[TryiT. 5分でわかる！タンパク質の立体構造 (2):https://...
-タンパク質の相互作用（結合して機能が発現）
--[[TryiT. 5分でわかる！タンパク質の立体構造:https://www....
-タンパク質の機能ドメイン（結合する部分）
-タンパク質の相同性
-タンパク質相同性検索
-タンパク質相同性検索に関する研究の紹介
*02 ペアワイズ配列アラインメント [#z0e624df]
-[[ClustalWでペアワイズ・アラインメントを行う>バイオ・デ...
*03 多重配列アラインメント [#r0ef7dae]
-[[ClustalWで多重アラインメントを行う>バイオ・データ・マ...
*04 配列を用いた相同性検索 [#w139e967]
-[[BLASTで相同性検索を行う>バイオ・データ・マイニング/BLA...
*05 プロファイルHMMを用いた相同性検索 [#s315ad67]
-[[HMMERで相同性検索を行う>バイオ・データ・マイニング/HMM...
*06 統計解析ソフトRの基礎 [#a437ad38]
-[[WindowsでRを使う>機械学習/WindowsでRを使う]]
-[[MacでRを使う>機械学習/MacでRを使う]]
-[[Rの基本>バイオ・データ・マイニング/Rの基本]]
-[[Rでデータを読み込む>バイオ・データ・マイニング/Rでデー...
*07 Rによる統計分析 [#ea0e8307]
-[[Rで統計分析する>バイオ・データ・マイニング/Rで統計分析...
-[[Rで検定する>バイオ・データ・マイニング/Rで検定する]]
*08 Rによる相関分析 [#o1c12af8]
-[[Rで相関分析する>バイオ・データ・マイニング/Rで相関分析...
*09 Rによる主成分分析 [#q30bc791]
-[[Rで主成分分析する>バイオ・データ・マイニング/Rで主成分...
*10 Rによるクラスター分析 1（階層型クラスタリング） [#md4...
-[[Rで階層クラスタリングを使う>バイオ・データ・マイニング...
*11 Rによるクラスター分析 2（k平均法） [#y9274849]
-[[Rでk平均法を使う>バイオ・データ・マイニング/Rでk平均法...
-[[Rでスペクトラル・クラスタリングを使う>バイオ・データ・...
*12 Rによる回帰分析 [#ra7bac4e]
-[[Rで回帰分析する>バイオ・データ・マイニング/Rで回帰分析...
*13 Rによるカテゴリー分析 1（決定木） [#s846bd1d]
-[[Rで決定木を使う>バイオ・データ・マイニング/Rで決定木を...
*14 Rによるカテゴリー分析 2（ロジスティック回帰） [#o37ea...
-[[Rでロジスティック回帰を使う>バイオ・データ・マイニング...
*15 Rによるバイオ・データ・マイニング総合演習 [#r4afa515]
-教師なし学習（答なし）
--統計分析
--相関分析
--主成分分析
--クラスター分析
---階層型クラスタリング
---k-平均法
---スペクトラル・クラスタリング
-教師付き学習（答あり）
--回帰分析（答が数値）
---単回帰分析
---重回帰分析
--カテゴリー分析（答がカテゴリー）
---決定木
---ロジスティック回帰
-[[Rでデータを読み込む>バイオ・データ・マイニング/Rでデー...
-[[分析練習用データ>授業/バイオインフォマティクス特論/分...
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*01 セントラル・ドグマ [#qa65d9bb]
-DNA (A, T, G, C)
--[[TryiT. 5分でわかる！ヌクレオチド:https://www.try-it.j...
-セントラルドグマ
--[[TryiT. 5分でわかる！遺伝子発現：転写:https://www.try-...
-RNA (A, U, G, C)
--[[TryiT. 5分でわかる！RNAについて:https://www.try-it.jp...
-mRNA
--[[TryiT. 5分でわかる！遺伝子発現：翻訳:https://www.try-...
-コドン（mRNA塩基3つ→アミノ酸1つ）
--[[TryiT. 5分でわかる！コドン→アミノ酸:https://www.try-i...
-アミノ酸（20種類）
--[[TryiT. 5分でわかる！コドンとアミノ酸の種類:https://ww...
-タンパク質（アミノ酸が直鎖状に結合したもの）
--[[TryiT. 5分でわかる！タンパク質の働きは…:https://www.t...
-タンパク質の構造（一次，二次，立体）
--[[TryiT. 5分でわかる！タンパク質の立体構造 (1):https://...
--[[TryiT. 5分でわかる！タンパク質の立体構造 (2):https://...
-タンパク質の相互作用（結合して機能が発現）
--[[TryiT. 5分でわかる！タンパク質の立体構造:https://www....
-タンパク質の機能ドメイン（結合する部分）
-タンパク質の相同性
-タンパク質相同性検索
-タンパク質相同性検索に関する研究の紹介
*02 ペアワイズ配列アラインメント [#z0e624df]
-[[ClustalWでペアワイズ・アラインメントを行う>バイオ・デ...
*03 多重配列アラインメント [#r0ef7dae]
-[[ClustalWで多重アラインメントを行う>バイオ・データ・マ...
*04 配列を用いた相同性検索 [#w139e967]
-[[BLASTで相同性検索を行う>バイオ・データ・マイニング/BLA...
*05 プロファイルHMMを用いた相同性検索 [#s315ad67]
-[[HMMERで相同性検索を行う>バイオ・データ・マイニング/HMM...
*06 統計解析ソフトRの基礎 [#a437ad38]
-[[WindowsでRを使う>機械学習/WindowsでRを使う]]
-[[MacでRを使う>機械学習/MacでRを使う]]
-[[Rの基本>バイオ・データ・マイニング/Rの基本]]
-[[Rでデータを読み込む>バイオ・データ・マイニング/Rでデー...
*07 Rによる統計分析 [#ea0e8307]
-[[Rで統計分析する>バイオ・データ・マイニング/Rで統計分析...
-[[Rで検定する>バイオ・データ・マイニング/Rで検定する]]
*08 Rによる相関分析 [#o1c12af8]
-[[Rで相関分析する>バイオ・データ・マイニング/Rで相関分析...
*09 Rによる主成分分析 [#q30bc791]
-[[Rで主成分分析する>バイオ・データ・マイニング/Rで主成分...
*10 Rによるクラスター分析 1（階層型クラスタリング） [#md4...
-[[Rで階層クラスタリングを使う>バイオ・データ・マイニング...
*11 Rによるクラスター分析 2（k平均法） [#y9274849]
-[[Rでk平均法を使う>バイオ・データ・マイニング/Rでk平均法...
-[[Rでスペクトラル・クラスタリングを使う>バイオ・データ・...
*12 Rによる回帰分析 [#ra7bac4e]
-[[Rで回帰分析する>バイオ・データ・マイニング/Rで回帰分析...
*13 Rによるカテゴリー分析 1（決定木） [#s846bd1d]
-[[Rで決定木を使う>バイオ・データ・マイニング/Rで決定木を...
*14 Rによるカテゴリー分析 2（ロジスティック回帰） [#o37ea...
-[[Rでロジスティック回帰を使う>バイオ・データ・マイニング...
*15 Rによるバイオ・データ・マイニング総合演習 [#r4afa515]
-教師なし学習（答なし）
--統計分析
--相関分析
--主成分分析
--クラスター分析
---階層型クラスタリング
---k-平均法
---スペクトラル・クラスタリング
-教師付き学習（答あり）
--回帰分析（答が数値）
---単回帰分析
---重回帰分析
--カテゴリー分析（答がカテゴリー）
---決定木
---ロジスティック回帰
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