バイオ・データ・マイニング/BLASTで相同性検索を行う
をテンプレートにして作成
開始行:
*はじめに [#redbd380]
ここでは，''BLAST''を使って相同性検索を行います．
*相同性検索 [#x948b460]
DNAやタンパク質が進化的に共通の祖先を持つものを''相同体''...
DNAデータベースの中からクエリーとして与えられた塩基配列の...
*BLAST [#e4689043]
''BLAST''は配列をクエリーとして相同性検索を行うツールです．
BLASTには，DNAの塩基配列をクエリーとして塩基配列を検索す...
ここでは，タンパク質のアミノ酸配列をクエリーとしてアミノ...
*BLASTによる相同性検索の仕組み [#nfedeebb]
BLASTは，まず，クエリーとして与えられたタンパク質のアミノ...
情報科学の分野では ''n-gram'' と呼ばれている技術の n=3 の...
たとえば，''CDEFGHI'' というクエリー配列が与えられると，...
次に，アミノ酸置換確率行列に基づいて，生成した部分文字列...
たとえば，アミノ酸 ''I'' はアミノ酸 ''V'' と類似している...
部分文字列または類似文字列に一致する個所を，タンパク質デ...
部分文字列が一致するかどうかには有限オートマトンが使われ...
*E-value [#af09e496]
検索対象のデータベースにおいて，クエリー配列が偶然に一致...
まず，検索対称のタンパク質データベースに出現するアミノ酸...
これによって，各アミノ酸が独立に出現すると仮定したときの...
ここから，各アミノ酸が独立に出現すると仮定したときにある...
各アミノ酸が独立に出現するときにランダムに生成したアミノ...
そこで，Gumbel分布の上でスコアが [math]S[/math] 以上にな...
これが ''E-value'' です．
したがって，同じタンパク質データベースの中で比較すると， ...
*タンパク質データベース [#tefe9197]
検索対象となるタンパク質データベースは，いくつかの種類が...
''nr'' は，Non-redundant を表し，色々なデータベースを統合...
''refseq'' は，Reference sequenceを表し，NCBI（アメリカの...
''SwissProt'' や ''PDB'' や ''Patent'' は，それぞれ独自に...
SwissProtは幅広い知識を注釈としてつけたもの，PDBはタンパ...
*BLASTによるタンパク質の相同性検索 [#q5e32c69]
タンパク質データベースの一つであるUniProtからタンパク質の...
UniProtからアミノ酸配列を取得する方法については，以下のペ...
-[[ClustalWでペアワイズ・アラインメントを行う>バイオ・デ...
ここでは，ヒトのヘモグロビン HBA_HUMAN のアミノ酸配列をク...
まず，''protein blast''を選択します．
#ref(./blast.png,nolink,50%)
次に，クエリーのところにUniProtから入手したFASTA形式の配...
#ref(./blast_input.png,nolink,50%)
すると，検索が実行されますが，時間がかかるので，次のよう...
#ref(./blast_searching.png,nolink,50%)
検索が終わると，結果が表示されます．
#ref(./blast_output_top.png,nolink,50%)
一番上には，サマリーとして，検索されたタンパク質の一致部...
#ref(./blast_output_summary.png,nolink,50%)
一致部分が表示され，一致部分の長さが色で表されています．
次に，検索されたタンパク質の名前，最大スコア，総合スコア...
#ref(./blast_output_descriptions,nolink.png,50%)
最後に，検索されたタンパク質のそれぞれについて，ペアワイ...
#ref(./blast_output_alignments.png,nolink,50%)
ClustalWのアラインメント結果とは異なり，クエリー配列と検...
アミノ酸置換確率が高く，類似しているアミノ酸の所には''+''...
*演習 [#h7e0322a]
UniProtからヒトのアミラーゼ AMY1_HUMAN のアミノ酸配列を入...
ただし，アミラーゼは配列長が長いので，丸ごと検索すると，E...
一部分だけを取り出して（一部分を削除して）検索してみまし...
アミノ酸配列がどのくらいの長さだとE-valueがどのくらいにな...
*参考文献 [#a297d100]
#html{{
<iframe style="width:120px;height:240px;" marginwidth="0"...
}}
-6章 類似配列のデータベース検索
終了行:
*はじめに [#redbd380]
ここでは，''BLAST''を使って相同性検索を行います．
*相同性検索 [#x948b460]
DNAやタンパク質が進化的に共通の祖先を持つものを''相同体''...
DNAデータベースの中からクエリーとして与えられた塩基配列の...
*BLAST [#e4689043]
''BLAST''は配列をクエリーとして相同性検索を行うツールです．
BLASTには，DNAの塩基配列をクエリーとして塩基配列を検索す...
ここでは，タンパク質のアミノ酸配列をクエリーとしてアミノ...
*BLASTによる相同性検索の仕組み [#nfedeebb]
BLASTは，まず，クエリーとして与えられたタンパク質のアミノ...
情報科学の分野では ''n-gram'' と呼ばれている技術の n=3 の...
たとえば，''CDEFGHI'' というクエリー配列が与えられると，...
次に，アミノ酸置換確率行列に基づいて，生成した部分文字列...
たとえば，アミノ酸 ''I'' はアミノ酸 ''V'' と類似している...
部分文字列または類似文字列に一致する個所を，タンパク質デ...
部分文字列が一致するかどうかには有限オートマトンが使われ...
*E-value [#af09e496]
検索対象のデータベースにおいて，クエリー配列が偶然に一致...
まず，検索対称のタンパク質データベースに出現するアミノ酸...
これによって，各アミノ酸が独立に出現すると仮定したときの...
ここから，各アミノ酸が独立に出現すると仮定したときにある...
各アミノ酸が独立に出現するときにランダムに生成したアミノ...
そこで，Gumbel分布の上でスコアが [math]S[/math] 以上にな...
これが ''E-value'' です．
したがって，同じタンパク質データベースの中で比較すると， ...
*タンパク質データベース [#tefe9197]
検索対象となるタンパク質データベースは，いくつかの種類が...
''nr'' は，Non-redundant を表し，色々なデータベースを統合...
''refseq'' は，Reference sequenceを表し，NCBI（アメリカの...
''SwissProt'' や ''PDB'' や ''Patent'' は，それぞれ独自に...
SwissProtは幅広い知識を注釈としてつけたもの，PDBはタンパ...
*BLASTによるタンパク質の相同性検索 [#q5e32c69]
タンパク質データベースの一つであるUniProtからタンパク質の...
UniProtからアミノ酸配列を取得する方法については，以下のペ...
-[[ClustalWでペアワイズ・アラインメントを行う>バイオ・デ...
ここでは，ヒトのヘモグロビン HBA_HUMAN のアミノ酸配列をク...
まず，''protein blast''を選択します．
#ref(./blast.png,nolink,50%)
次に，クエリーのところにUniProtから入手したFASTA形式の配...
#ref(./blast_input.png,nolink,50%)
すると，検索が実行されますが，時間がかかるので，次のよう...
#ref(./blast_searching.png,nolink,50%)
検索が終わると，結果が表示されます．
#ref(./blast_output_top.png,nolink,50%)
一番上には，サマリーとして，検索されたタンパク質の一致部...
#ref(./blast_output_summary.png,nolink,50%)
一致部分が表示され，一致部分の長さが色で表されています．
次に，検索されたタンパク質の名前，最大スコア，総合スコア...
#ref(./blast_output_descriptions,nolink.png,50%)
最後に，検索されたタンパク質のそれぞれについて，ペアワイ...
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ClustalWのアラインメント結果とは異なり，クエリー配列と検...
アミノ酸置換確率が高く，類似しているアミノ酸の所には''+''...
*演習 [#h7e0322a]
UniProtからヒトのアミラーゼ AMY1_HUMAN のアミノ酸配列を入...
ただし，アミラーゼは配列長が長いので，丸ごと検索すると，E...
一部分だけを取り出して（一部分を削除して）検索してみまし...
アミノ酸配列がどのくらいの長さだとE-valueがどのくらいにな...
*参考文献 [#a297d100]
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}}
-6章 類似配列のデータベース検索
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