授業/バイオインフォマティクス特論 のバックアップの現在との差分(No.5)


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*Lesson 01: バイオインフォマティクスの概要 [#qa65d9bb]
-DNAと核酸
-mRNAとコドン
-タンパク質とアミノ酸
*Lesson 01: タンパク質相同性検索の概要 [#qa65d9bb]
-セントラルドグマ
--[[HD セントラルドグマ -synra editon- 日本語ナレーション版 (YouTube):https://www.youtube.com/watch?v=DB0gnar0Ndw]]
-DNA (A, T, G, C)
-RNA (A, U, G, C)
-mRNA
-コドン(mRNA塩基3つ→アミノ酸1つ)
-アミノ酸(20種類)
-タンパク質(アミノ酸が直鎖状に結合したもの)
-タンパク質の構造(一次,二次,立体)
-タンパク質の相互作用
-タンパク質の機能ドメイン
-相同性検索に関する研究の紹介
-タンパク質の相互作用(結合して機能が発現)
-タンパク質の機能ドメイン(結合する部分)
-タンパク質の相同性
-タンパク質相同性検索
-タンパク質相同性検索に関する研究の紹介


*Lesson 02: ペアワイズ配列アラインメント [#z0e624df]
-[[ClustalWでペアワイズ・アラインメントを行う>バイオ・データ・マイニング/ClustalWでペアワイズ・アラインメントを行う]]


*Lesson 03: 多重配列アラインメント [#r0ef7dae]
-[[ClustalWで多重アラインメントを行う>バイオ・データ・マイニング/ClustalWで多重アラインメントを行う]]


*Lesson 04: 配列を用いた相同性検索 [#w139e967]
-[[BLASTで相同性検索を行う>バイオ・データ・マイニング/BLASTで相同性検索を行う]]


*Lesson 05: プロファイルHMMを用いた相同性検索 [#s315ad67]
-[[HMMERで相同性検索を行う>バイオ・データ・マイニング/HMMERで相同性検索を行う]]


*Lesson 06: 統計解析ソフトRの基礎 [#a437ad38]
-[[WindowsでRを使う>機械学習/WindowsでRを使う]]
-[[MacでRを使う>機械学習/MacでRを使う]]
-[[Rの基本>バイオ・データ・マイニング/Rの基本]]
-[[Rでデータを読み込む>バイオ・データ・マイニング/Rでデータを読み込む]]


*Lesson 07: Rによる統計分析 [#ea0e8307]
-[[Rで統計分析する>バイオ・データ・マイニング/Rで統計分析する]]


*Lesson 08: Rによる相関分析 [#o1c12af8]
-[[Rで相関分析する>バイオ・データ・マイニング/Rで相関分析する]]


*Lesson 09: Rによる主成分分析 [#q30bc791]
-[[Rで主成分分析する>バイオ・データ・マイニング/Rで主成分分析する]]


*Lesson 10: Rによるクラスター分析 1(階層型クラスタリング) [#md4f270b]
-[[Rで階層クラスタリングを使う>バイオ・データ・マイニング/Rで階層クラスタリングを使う]]


*Lesson 11: Rによるクラスター分析 2(k平均法) [#y9274849]
-[[Rでk平均法を使う>バイオ・データ・マイニング/Rでk平均法を使う]]
-[[Rでスペクトラル・クラスタリングを使う>バイオ・データ・マイニング/Rでスペクトラル・クラスタリングを使う]]


*Lesson 12: Rによる回帰分析 [#ra7bac4e]
-[[Rで回帰分析する>バイオ・データ・マイニング/Rで回帰分析する]]


*Lesson 13: Rによるカテゴリー分析 1(決定木) [#s846bd1d]
-[[Rで決定木を使う>バイオ・データ・マイニング/Rで決定木を使う]]


*Lesson 14: Rによるカテゴリー分析 2 (SVM) [#o37eaf24]
-[[RでSVMを使う>バイオ・データ・マイニング/RでSVMを使う]]


*Lesson 15: Rによるバイオ・データ・マイニング総合演習 [#r4afa515]
-教師なし学習(答なし)
--統計分析
--相関分析
--主成分分析
--クラスター分析
---階層型クラスタリング
---k-平均法
---スペクトラル・クラスタリング
-教師付き学習(答あり)
--回帰分析(答が数値)
---単回帰分析
---重回帰分析
--カテゴリー分析(答がカテゴリー)
---決定木
---SVM

-[[Rでデータを読み込む>バイオ・データ・マイニング/Rでデータを読み込む]]
-[[UCI Machine Learning Repository>http://archive.ics.uci.edu/ml/index.html]]
-[[分析練習用データ>授業/バイオインフォマティクス特論/分析練習用データ]]

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