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*はじめに [#yb7fa054]

Rを用いてネットワーク構造を可視化したので,そのメモです.


*準備 [#r89eea09]

igraphパッケージを使います.

#geshi(rsplus){{
install.packages("igraph")
library("igraph")
}}



*データの読み込み [#z63f74fe]

ネットワークは隣接行列で表現します.
そこで,隣接行列をCSV形式で作成し,Rに読み込みます.
ここでは,1行目と1列目には頂点の名前が入っているものとします.
#geshi(rsplus){{
data <- read.csv("data.csv", header=T, row.names=1)
}}

これを隣接行列に変換します.
ここでは無向グラフ("undirected")とします.
#geshi(rsplus)){{
g <- graph.adjacency(data,mode="undirected")
}}


*ネットワーク構造の可視化 [#v2b5813c]

レイアウトをfruchterman.reingoldにして,ネットワークを表示します.
ネットワークが大きいので,頂点の大きさ(vertex.size)を2に,頂点のラベル(vertex.label)を非表示(NA)にします.
#geshi(rsplus){{
plot(g,layout=layout.fruchterman.reingold,vertex.size=2,vertex.label=NA)
}}


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