授業/バイオインフォマティクス特論 のバックアップ(No.7)

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  • 1 (2015-09-02 (水) 13:12:58)
  • 2 (2015-09-29 (火) 23:03:31)
  • 3 (2015-10-28 (水) 15:07:09)
  • 4 (2016-01-20 (水) 13:36:14)
  • 5 (2016-07-11 (月) 16:45:14)
  • 6 (2017-01-18 (水) 07:02:50)
  • 7 (2019-09-25 (水) 14:51:22)
  • 8 (2022-09-21 (水) 09:23:16)

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Lesson 01: タンパク質相同性検索の概要 †

• セントラルドグマ
  • HD セントラルドグマ -synra editon- 日本語ナレーション版 (YouTube)
• DNA (A, T, G, C)
• RNA (A, U, G, C)
• mRNA
• コドン（mRNA塩基3つ→アミノ酸1つ）
• アミノ酸（20種類）
• タンパク質（アミノ酸が直鎖状に結合したもの）
• タンパク質の構造（一次，二次，立体）
• タンパク質の相互作用（結合して機能が発現）
• タンパク質の機能ドメイン（結合する部分）
• タンパク質の相同性
• タンパク質相同性検索
• タンパク質相同性検索に関する研究の紹介

Lesson 02: ペアワイズ配列アラインメント †

• ClustalWでペアワイズ・アラインメントを行う

Lesson 03: 多重配列アラインメント †

• ClustalWで多重アラインメントを行う

Lesson 04: 配列を用いた相同性検索 †

• BLASTで相同性検索を行う

Lesson 05: プロファイルHMMを用いた相同性検索 †

• HMMERで相同性検索を行う

Lesson 06: 統計解析ソフトRの基礎 †

• WindowsでRを使う
• MacでRを使う
• Rの基本
• Rでデータを読み込む

Lesson 07: Rによる統計分析 †

• Rで統計分析する

Lesson 08: Rによる相関分析 †

• Rで相関分析する

Lesson 09: Rによる主成分分析 †

• Rで主成分分析する

Lesson 10: Rによるクラスター分析 1（階層型クラスタリング） †

• Rで階層クラスタリングを使う

Lesson 11: Rによるクラスター分析 2（k平均法） †

• Rでk平均法を使う
• Rでスペクトラル・クラスタリングを使う

Lesson 12: Rによる回帰分析 †

• Rで回帰分析する

Lesson 13: Rによるカテゴリー分析 1（決定木） †

• Rで決定木を使う

Lesson 14: Rによるカテゴリー分析 2 (SVM) †

• RでSVMを使う

Lesson 15: Rによるバイオ・データ・マイニング総合演習 †

• 教師なし学習（答なし）
  • 統計分析
  • 相関分析
  • 主成分分析
  • クラスター分析
    • 階層型クラスタリング
    • k-平均法
    • スペクトラル・クラスタリング
• 教師付き学習（答あり）
  • 回帰分析（答が数値）
    • 単回帰分析
    • 重回帰分析
  • カテゴリー分析（答がカテゴリー）
    • 決定木
    • SVM

• Rでデータを読み込む
• 分析練習用データ