授業/バイオインフォマティクス特論のバックアップ(No.10)

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- 1 (2015-09-02 (水) 13:12:58)
- 2 (2015-09-29 (火) 23:03:31)
- 3 (2015-10-28 (水) 15:07:09)
- 4 (2016-01-20 (水) 13:36:14)
- 5 (2016-07-11 (月) 16:45:14)
- 6 (2017-01-18 (水) 07:02:50)
- 7 (2019-09-25 (水) 14:51:22)
- 8 (2022-09-21 (水) 09:23:16)
- 9 (2022-11-09 (水) 14:39:10)
- 10 (2025-09-24 (水) 08:43:16)

Lesson 01: セントラル・ドグマ †

DNA (A, T, G, C)
- TryiT. 5分でわかる！ヌクレオチド
セントラルドグマ
- TryiT. 5分でわかる！遺伝子発現：転写
RNA (A, U, G, C)
- TryiT. 5分でわかる！RNAについて
mRNA
- TryiT. 5分でわかる！遺伝子発現：翻訳
コドン（mRNA塩基3つ→アミノ酸1つ）
- TryiT. 5分でわかる！コドン→アミノ酸
アミノ酸（20種類）
- TryiT. 5分でわかる！コドンとアミノ酸の種類
タンパク質（アミノ酸が直鎖状に結合したもの）
- TryiT. 5分でわかる！タンパク質の働きは…
タンパク質の構造（一次，二次，立体）
- TryiT. 5分でわかる！タンパク質の立体構造 (1)
- TryiT. 5分でわかる！タンパク質の立体構造 (2)
タンパク質の相互作用（結合して機能が発現）
- TryiT. 5分でわかる！タンパク質の立体構造
タンパク質の機能ドメイン（結合する部分）
タンパク質の相同性
タンパク質相同性検索
タンパク質相同性検索に関する研究の紹介

Lesson 02: ペアワイズ配列アラインメント †

ClustalWでペアワイズ・アラインメントを行う

Lesson 03: 多重配列アラインメント †

ClustalWで多重アラインメントを行う

Lesson 04: 配列を用いた相同性検索 †

BLASTで相同性検索を行う

Lesson 05: プロファイルHMMを用いた相同性検索 †

HMMERで相同性検索を行う

Lesson 06: 統計解析ソフトRの基礎 †

Lesson 07: Rによる統計分析 †

Lesson 08: Rによる相関分析 †

Rで相関分析する

Lesson 09: Rによる主成分分析 †

Rで主成分分析する

Lesson 10: Rによるクラスター分析 1（階層型クラスタリング） †

Rで階層クラスタリングを使う

Lesson 11: Rによるクラスター分析 2（k平均法） †

Lesson 12: Rによる回帰分析 †

Rで回帰分析する

Lesson 13: Rによるカテゴリー分析 1（決定木） †

Rで決定木を使う

Lesson 14: Rによるカテゴリー分析 2 (SVM) †

RでSVMを使う

Lesson 15: Rによるバイオ・データ・マイニング総合演習 †

教師なし学習（答なし）
- 統計分析
- 相関分析
- 主成分分析
- クラスター分析
  - 階層型クラスタリング
  - k-平均法
  - スペクトラル・クラスタリング
教師付き学習（答あり）
- 回帰分析（答が数値）
  - 単回帰分析
  - 重回帰分析
- カテゴリー分析（答がカテゴリー）
  - 決定木
  - SVM