MacでClustalWを使う

2012-01-03 (火) 11:07:14 (2170d) | Topic path: Top / バイオ・データ・マイニング / MacでClustalWを使う

はじめに

「ClustalW」は,マルチプルアラインメントを生成するツールです.

次の環境で確認しました.

  • Mac OS X 10.7.2
  • ClustalW 2.1

必要なもの

なし.

ダウンロード

ClustalW2のサイトの左メニューにあるDownloadをクリックし,HTTP Downloadを選択します.

clustalw-2.1-macosx.dmgをクリックしてダウンロードします.

インストール

ダウンロードしたファイルを開くと,clustalw-2.1-macosxというボリュームがマウントされます.

そのボリュームの中に,clustalw-2.1-macosxというディレクトリーがあり,その中にclustalw2という実行可能ファイルがあります.

このファイルを好きなディレクトリーにコピーします.

実行

ここでは,Bcl-2ファミリーのマルチプルアラインメントを作成します.

アミノ酸配列のダウンロード

PfamのBcl-2のページの左メニューにあるAlignmentsをクリックします.

Formatting optionsFormatFASTAにし,Generateボタンをクリックします.

すると,PF00452_seed.txtという名前の以下のようなテキスト・ファイルがダウンロードされます.

>A7RN20_NEMVE/1-102
IIQIGELLETAYPYL..YHNVSKHLKIRLRSEVIVGDV....FRTFGRELFRD.......
....GVSWAKVIALFAFAASMSE................DCVMQGR...PEL...VKSIL
NNVRAYV.RDHLAVWIRNHG.GW
>BOKA_DANRE/68-180
LLWLGDELEYLRPNV..YRNVARQLNITIASENIVSDA....FLAVAAEIFSTEYSRKGL
EKHKGVTWGKIVSLYAVAGALAV................DCVRNGH...PAM...VHTIV
DCMGEFV.RKSLASWLKKRG.GW
>BOK_CHICK/71-172
LLRLGDELEYIRPNV..YRNIARQLNISLHSETVVTDA....FLAVAAQIFTA.......
....GITWGKVVSLYAVAAGLAV................DCVRHAQ...PAM...VHTIV
DCLGEFV.RKTLVTWLKRRG.GW

(略)

>Q4SCG3_TETNG/61-157
LRKATDDFEKKLTRA..CGDLSSYL...PSKI..SHQN....FNNTMDQIFEG.......
....NVHWGVVIGLFVVGGAMCV................QCVRNNH...EEL...VCHIA
DWMTAYL.DEHLEPWIQRQG.GW
>Q4SR59_TETNG/74-172
LRDSAEEFEKLFAQA..FSDLSSQLVI.TPDT..AYQS....FKNVMDEVFKD.......
....GVNWGRIVGLFAFGGVLCV................ECVEKDA...SEL...VCRIA
DWMTIYL.DEHINPWIQSQG.GW
>Q4T1V9_TETNG/71-169
LRDTGNEFELRYTCA..FSDLHNQLHI.TPAT..AYQS....FENVMDEVFRD.......
....GVNWGRIVGLFAFGGALCV................ECVEKEM...NPL...VGRII
EWMTVYL.DNHIQPWIQSQG.GW

マルチプルアラインメントの作成

ダウンロードしたFASTAフォーマットのファイルを引数として,ClustalWを実行します.

$ clustalw2 PF00452_seed.txt



 CLUSTAL 2.1 Multiple Sequence Alignments


Sequence format is Pearson
Sequence 1: A7RN20_NEMVE/1-102     102 aa
Sequence 2: BOKA_DANRE/68-180      113 aa
Sequence 3: BOK_CHICK/71-172       102 aa

(略)

Sequence 70: Q4SCG3_TETNG/61-157     97 aa
Sequence 71: Q4SR59_TETNG/74-172     99 aa
Sequence 72: Q4T1V9_TETNG/71-169     99 aa
Start of Pairwise alignments
Aligning...

Sequences (1:2) Aligned. Score:  38
Sequences (1:3) Aligned. Score:  35
Sequences (1:4) Aligned. Score:  36

(略)

Sequences (70:71) Aligned. Score:  53
Sequences (70:72) Aligned. Score:  46
Sequences (71:72) Aligned. Score:  74
Guide tree file created:   [PF00452_seed.dnd]

There are 71 groups
Start of Multiple Alignment

Aligning...
Group 1: Sequences:   2      Score:2010
Group 2: Sequences:   2      Score:1946
Group 3: Sequences:   4      Score:1918

(略)

Group 69:                     Delayed
Group 70:                     Delayed
Group 71: Sequences:  65      Score:591
Alignment Score 193470

CLUSTAL-Alignment file created  [PF00452_seed.aln]

この結果,CLUSTAL形式のアラインメント・ファイルPF00452_seed.alnが作成されます.

トップ   編集 凍結解除 差分 バックアップ 添付 複製 名前変更 リロード   新規 一覧 単語検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS