MacでBioPythonを使う

はじめに †

BioPythonはバイオインフォマティクスのツールを集めたPython用ライブラリーです．

ここでは，MacのOS XにBioPythonをインストールする方法を説明します．

この記事は，次の環境で確認しました．

• OS X 10.8.2 (Mountain Lion)
• Python 2.7.2
• BioPython 1.6.0
• NumPy 1.6.2

当初，Python 3への導入を目指しましたが，NumPyのインストールができなくて断念しました．

準備するもの †

• なし

ダウンロード †

NumPy †

NumPyは数値計算用のPythonライブラリーです． BioPythonではこのライブラリーを使うことを強く推奨しています．

NumPyは以下のサイトからダウンロードできます．

• http://numpy.scipy.org

Mountain Lionに標準インストールされている64bit版Python 2.7.2のために，「Mac OS X 64-bit unofficial releases」のinstall_superpach.shというファイルをダウンロードします．

BioPython †

BioPythonは以下のサイトからダウンローできます．

• http://biopython.org/wiki/Main_Page

今回はbiopython-1.60.tar.gzをダウンロードしました．

インストール †

NumPy †

ダウンロードしたinstall_superpack.shを実行するだけです．

$ chmod 755 install_superpack.sh
$ ./install_superpack.sh

NumPyの動作確認．

$ python
Python 2.7.2 (default, Jun 20 2012, 16:23:33) 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-418.0.60)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
>>> 

BioPython †

ダウンロードしたファイルを展開して作成されたディレクトリーで，次のようにします．

$ python setup.py build
$ python setup.py test
$ sudo python setup.py install

動作確認 †

$ python
Python 2.7.2 (default, Jun 20 2012, 16:23:33) 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-418.0.60)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import Bio
>>>